تفاوت کلیدی - Exome در مقابل توالی یابی RNA
توالی یابی اسید نوکلئیک تکنیکی است که ترتیب نوکلئوتیدها را در قطعه خاصی از DNA یا RNA یک موجود زنده تعیین می کند. تعیین توالی در شناسایی ترکیب DNA و RNA سلول و تمایز ژن های خاصی که برای پروتئین های عملکردی کد می کنند، مهم است. بنابراین، توالی یابی می تواند برای درک جهش این ژن ها و بیان ژن ها مورد استفاده قرار گیرد. روش توالی یابی سانگر یا روش های پیشرفته تر توالی یابی نسل بعدی روش های توالی یابی هستند که معمولاً مورد استفاده قرار می گیرند. توالی یابی اگزوم توالی یابی مجموعه کامل اگزون ها یا مناطق کد کننده DNA موجود در یک ارگانیسم است در حالی که توالی یابی RNA روش توالی یابی اسیدهای ریبونوکلئیک (RNA) است.این تفاوت کلیدی بین توالی یابی اگزوم و RNA است.
Exome Sequencing چیست؟
Exome زیرمجموعه ای از ژنوم است که از ژن های کد کننده یک ارگانیسم خاص تشکیل شده است. ژن‌های کدکننده اگزون نامیده می‌شوند و به mRNA رونویسی می‌شوند و سپس به توالی‌های اسید آمینه ترجمه می‌شوند. در طی تغییرات پس از رونویسی، مکانیسم پیوند RNA در یوکاریوت ها اینترون ها (مناطق غیر کدکننده) را حذف می کند و اگزون ها باقی می مانند. دو تکنیک اصلی وجود دارد که در آنها توالی اگزوم انجام می شود: مبتنی بر راه حل و مبتنی بر آرایه.
در توالی یابی اگزوم مبتنی بر محلول، نمونه های DNA با استفاده از آنزیم های محدود کننده یا روش مکانیکی قطعه قطعه می شوند و با حرارت دناتوره می شوند. در این تکنیک، پروب های الیگونوکلئوتیدی بیوتینیله (طعمه) برای هیبریداسیون انتخابی با مناطق هدف در ژنوم استفاده می شود. برای مرحله اتصال از دانه های استرپتاویدین مغناطیسی استفاده می شود. صحافی توسط یک مرحله شستشو دنبال می شود که در آن توالی های غیرمحدود و غیر هدف شسته می شوند.سپس اهداف محدود شده با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) تقویت می‌شوند و سپس با استفاده از روش‌های توالی‌یابی Sanger یا نسل بعدی توالی‌یابی می‌شوند.
شکل 01: توالی Exome
روش مبتنی بر آرایه نیز مشابه روش مبتنی بر محلول است، با این تفاوت که قطعات DNA در یک ریز آرایه گرفته می شوند و سپس مراحل اتصال و شستشو قبل از تعیین توالی دنبال می شوند.
توالی یابی Exome در بسیاری از کاربردها مانند تشخیص ژنتیکی بیماری ها، در ژن درمانی، در شناسایی نشانگرهای ژنتیکی جدید، در کشاورزی برای شناسایی صفات مختلف زراعی مفید و در روش های اصلاح نباتات استفاده می شود.
توالی‌یابی RNA چیست؟
توالی یابی RNA بر اساس رونوشت است که رونوشت کامل سلول است.اهداف کلیدی توالی یابی RNA فهرست نویسی همه گونه های رونوشت، از جمله mRNA، RNA غیر کد کننده و RNA کوچک، برای تعیین ساختار رونویسی ژن ها و تعیین کمیت سطوح بیان هر رونوشت در طول توسعه است. در طول توالی یابی RNA، فناوری های هیبریداسیون (که DNA مکمل مشتق شده از توالی های mRNA بالغ بودند) در ابتدا برای توالی یابی استفاده شد. در حال حاضر، یک روش دقیق‌تر و پیشرفته‌تر برای تعیین توالی RNA استفاده می‌شود.
شکل 02: توالی RNA
در توالی یابی RNA، نمونه ای از RNA که می تواند RNA کل یا RNA تکه تکه شده باشد با استفاده از رونویسی معکوس به DNA مکمل آن (cDNA) تبدیل می شود و یک کتابخانه cDNA تهیه می شود. هر قطعه cDNA به آداپتورها در دو طرف (توالی یابی انتهای جفت) یا در یک طرف (توالی یابی تک انتهایی) متصل می شود.این توالی‌های برچسب‌گذاری‌شده با استفاده از توالی سنگر یا نسل بعدی، مانند توالی‌یابی exome، توالی‌بندی می‌شوند.
شباهت های بین Exome و توالی RNA چیست؟
- قطعات انتخاب شده کوتاه یا کل مجموعه DNA / RNA را می توان برای توالی یابی Exome یا RNA استفاده کرد.
- قطعات ترتیب‌یافته در کتابخانه‌ها حفظ می‌شوند.
- می توان ازتوالی سنجر یا توالی نسل بعدی استفاده کرد.
- هر دو روش توالی یابی آزمایشگاهی هستند.
- قطعات توالی شده را می توان با برچسب های فلورسنت تعیین کرد.
تفاوت بین Exome و توالی RNA چیست؟
Exome در مقابل توالی RNA |
|
| توالی یابی Exome توالی یابی مجموعه کامل اگزون ها یا نواحی کد کننده DNA موجود در یک موجود زنده است. | توالی یابی RNA به روش توالی یابی اسیدهای ریبونوکلئیک (RNA) اشاره دارد. رونوشت. |
| نمونه شروع | |
| DNA ژنومی نمونه آغازین توالی یابی اگزوم است. | RNA نمونه شروع توالی RNA است. |
| ترکیب | |
| این فقط شامل نواحی کدکننده کل DNA است که به نام اگزون شناخته می شوند | این حاوی RNA-mRNA / رونوشت است. |
| توالی | |
| دو روش اصلی برای تعیین توالی اگزوم وجود دارد. فناوری‌های مبتنی بر راه‌حل و مبتنی بر آرایه. | توالی یابی RNA از طریق تهیه یک کتابخانه cDNA با استخراج RNA کل یا RNA تکه تکه شده انجام می شود. |
خلاصه - Exome در مقابل توالی RNA
Exome مجموعه کاملی از نواحی کدکننده یک موجود زنده است و تکنیک‌های دخیل در تعیین ترتیب دقیق نوکلئوتیدی Exome به نام توالی‌یابی اگزوم شناخته می‌شود. توالی یابی RNA تکنیکی است که در تعیین ترتیب نوکلئوتیدی RNA یک موجود زنده نقش دارد. این تفاوت بین توالی یابی اگزوم و RNA است.
دانلود نسخه PDF Exome vs RNA Sequencing
می توانید نسخه PDF این مقاله را دانلود کنید و طبق یادداشت نقل قول برای اهداف آفلاین از آن استفاده کنید. لطفاً نسخه PDF را از اینجا دانلود کنید تفاوت بین Exome و توالی RNA
