تفاوت کلیدی – پرایمر رو به جلو در مقابل معکوس
واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) یک روش تقویت DNA است که در کاربردهای بیولوژیکی مولکولی استفاده می شود. این یک تکنیک رایج است که میلیون‌ها تا میلیاردها کپی از یک توالی DNA خاص را ایجاد می‌کند. این یک روش آزمایشگاهی است که در آزمایشگاه ها انجام می شود. روش PCR کاملاً وابسته به DNA پلیمراز تجاری تولید شده به نام Taq polymerase است. و همچنین به چندین جزء دیگر و نگهداری مناسب دما نیاز دارد. یکی از اجزای مهم پرایمرها هستند. پرایمرها توالی های کوتاه DNA هستند که به طور خاص برای توالی DNA هدف طراحی شده اند.طول آنها معمولاً حدود 20 نوکلئوتید است. Taq پلیمراز افزودن نوکلئوتیدها به توالی نوکلئوتیدی از قبل موجود را کاتالیز می کند. از این رو، آغازگرها به عنوان نقطه شروع سنتز رشته های جدید استفاده می شوند. Taq پلیمراز فقط در جهت 5 تا 3 عمل می کند، بنابراین سنتز DNA در همان جهت 5 تا 3 رخ می دهد. از آنجایی که DNA دو رشته ای است، دو نوع پرایمر در PCR مورد نیاز است. آنها به عنوان پرایمر فوروارد و پرایمر معکوس شناخته می شوند. پرایمرهای رو به جلو و معکوس بر اساس جهت ازدیاد طول پرایمر در DNA زمانی که سنتز DNA اتفاق می افتد نامیده می شوند. پرایمر فوروارد با رشته DNA آنتی سنس آنیل می شود و سنتز رشته +ve ژن را در جهت 5 به 3 آغاز می کند. پرایمر معکوس با رشته حس بازپخت می شود و سنتز رشته مکمل رشته کد کننده را آغاز می کند. که رشته ژن در جهت 5 به 3 است. این تفاوت اصلی بین پرایمرهای رو به جلو و معکوس است.
فروارد پرایمر چیست؟
جهت‌گیری رو به جلو، سنتز رشته کدکننده یا رشته حسی یک ژن است. Taq پلیمراز سنتز یک رشته جدید را در جهت 5 تا 3 کاتالیز می کند. سنتز رشته کدکننده زمانی اتفاق می‌افتد که پرایمر با رشته غیرکدکننده یا آنتی‌سنس بازپخت شود و در جهت 5 تا 3 اینچ کشیده شود.
شکل 01: آغازگرهای رو به جلو و معکوس
پرایمری که با رشته آنتی سنس یا رشته غیرکدکننده یا رشته الگو بازپخت می شود به عنوان پرایمر جلو شناخته می شود زیرا پرایمر جلو به عنوان نقطه شروع سنتز کدگذاری یا رشته مثبت ژن عمل می کند. پرایمر رو به جلو دارای یک توالی نوکلئوتیدی کوتاه است که مکمل انتهای کناری 3 این رشته آنتی سنس است. با رشته آنتی سنس هیبرید می شود و پلیمراز Taq را برای افزودن نوکلئوتیدهایی که مکمل رشته الگو هستند تسهیل می کند.
پرایمر معکوس چیست؟
پرایمر معکوس توالی DNA کوتاهی است که با انتهای 3' رشته حس یا رشته کد کننده بازپخت می شود. پرایمر معکوس به عنوان نقطه شروع برای سنتز یک رشته مکمل از توالی کد کننده یا دنباله غیر کد کننده عمل می کند. پرایمر معکوس مکمل انتهای 3 رشته کد کننده طراحی شده است. از این رو، با انتهای 3' جانبی رشته کد کننده بازپخت می شود و به پلیمراز Taq اجازه می دهد تا رشته آنتی سنس یا رشته الگو را سنتز کند. از آنجایی که جهت آن به صورت معکوس است، این آغازگر به عنوان پرایمر معکوس برچسب گذاری شده است.
هر دو آغازگر معکوس و جلو برای تولید میلیون ها تا میلیاردها نسخه از مناطق خاصی از DNA که هدف یا علاقه مند هستند، مهم هستند.
شباهت‌های بین پرایمر رو به جلو و معکوس چیست؟
- هر دو آغازگر رو به جلو و معکوس از الیگونوکلئوتیدها ساخته شده اند.
- هر دو آغازگر رو به جلو و معکوس دارای توالی نوکلئوتیدی کوتاه هستند که مکمل انتهای کناری رشته های دوتایی DNA هستند.
- هر دو آغازگر رو به جلو و معکوس معمولاً از 20 نوکلئوتید تشکیل شده اند.
- هر دو آغازگر رو به جلو و معکوس در واکنش های زنجیره ای پلیمراز استفاده می شوند.
- هر دو پرایمر فوروارد و معکوس به صورت تجاری سنتز می شوند.
- هر دو پرایمر Forward و Reverse پایدار در دما هستند و معمولاً Tm مشابهی دارند.
- هر دو پرایمر رو به جلو و معکوس با توالی DNA هدف آنیل می شوند.
- هر دو پرایمر فوروارد و معکوس بر اساس واکنش های PCR طراحی شده اند.
- هر دو پرایمر رو به جلو و معکوس به عنوان نقطه شروع برای تقویت DNA استفاده می شوند.
- هر دو آغازگر معکوس و جلو برای تولید میلیون‌ها نسخه از مناطق خاص توالی‌های DNA هدف یا علاقه‌مند مهم هستند.
تفاوت بین پرایمر رو به جلو و معکوس چیست؟
Primer Forward vs Reverse Primer |
|
| پرایمر فوروارد توالی DNA کوتاهی است که با انتهای 3 غیرکد کننده یا رشته الگوی ژن هیبرید می شود و به عنوان نقطه شروع برای سنتز توالی کدکننده عمل می کند. | پرایمر معکوس توالی DNA کوتاهی است که با انتهای 3' کد کننده یا رشته غیرقالب هیبرید می شود و به عنوان نقطه شروع برای سنتز توالی غیر کدکننده عمل می کند. |
| رشته بازپخت | |
| بازپخت پرایمر جلو با رشته الگو. | پرایمر معکوس با رشته غیرقالب بازپخت می شود. |
| نتیجه سکانس جدید | |
| پرایمر فوروارد سنتز توالی کدگذاری را تسهیل می کند. | پرایمر معکوس سنتز توالی غیر کدکننده را تسهیل می کند. |
خلاصه – Forward vs Reverse Primer
دو نوع پرایمر در تکنیک PCR وجود دارد. آنها پرایمرهای رو به جلو و معکوس هستند. بر اساس طویل شدن پرایمر در سنتز رشته DNA جدید، این آغازگرها برچسب یا نامگذاری می شوند. Taq پلیمراز DNA جدید را در جهت گیری 5 تا 3 سنتز می کند. از این رو، آغازگرها به عنوان مکمل انتهای 3 این رشته‌های دوتایی طراحی می‌شوند. پرایمر رو به جلو که در جهت 5 تا 3 کشیده می شود با انتهای 3 آنتی سنس یا الگو یا دنباله غیر کد کننده هیبرید می شود. این به عنوان نقطه شروع برای سنتز دنباله کدگذاری عمل می کند. پرایمر معکوس که در جهت 5 به 3 کشیده می شود با انتهای 3' کدگذاری یا غیرقالب یا رشته حسی هیبرید می شود.این به عنوان نقطه شروع برای سنتز دنباله غیر کد کننده عمل می کند. این تفاوت بین پرایمر رو به جلو و معکوس است.
