تفاوت اصلی بین پرایمرهای تصادفی و الیگو dT در این است که پرایمر تصادفی مخلوطی از تمام توالی های الیگونوکلئوتیدی هگزامر ممکن است، در حالی که آغازگر الیگو dT از یک کشش تک رشته ای از 12-18 دئوکسی تیمیدین تشکیل شده است..
رونویسی معکوس مکانیزمی است که در آن cDNA را می توان با استفاده از mRNA یا هر گونه RNA سنتز کرد. برای تولید cDNA، باید آنزیم ترانس کریپتاز معکوس و سایر اجزای ضروری، به ویژه الگو و پرایمرها تهیه شود. پرایمرها توالی های کوتاه DNA هستند که به طور خاص برای تقویت توالی های هدف طراحی شده اند. پرایمرهای تصادفی و پرایمرهای اولیگو dT دو نوع پرایمر رایج هستند که در رونویسی معکوس استفاده می شوند.بنابراین، پرایمر تصادفی یا پرایمر الیگو dT توالی های الیگونوکلئوتیدی DNA کوتاهی هستند که برای رونویسی معکوس برای شروع رونویسی معکوس لازم است. بسته به الگوی RNA، پرایمر مناسب را می توان از بین این دو نوع آغازگر انتخاب کرد.
پرایمرهای تصادفی چیست؟
پرایمر تصادفیمخلوطی از الیگونوکلئوتیدها است که تمام توالی های هگزامری ممکن را نشان می دهد. توالی پرایمر پرایمر تصادفی 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G، A، T یا C است. بنابراین، پرایمرهای تصادفی را می توان برای تکثیر DNA یا RNA تک رشته ای توسط DNA پلیمراز یا رونوشت معکوس استفاده کرد. به ترتیب. علاوه بر این، مخلوط پرایمر تصادفی قادر است تمام نواحی RNA را برای تولید cDNA تقویت کند. بنابراین، طول های مختلف cDNA را تولید می کند.
شکل 01: آغازگرهای تصادفی
مهمتر از همه، مخلوط پرایمر تصادفی ویژگی الگو را نشان نمی دهد. قادر به تشخیص mRNA و سایر گونه های RNA نیست. و با هر گونه RNA موجود در نمونه بازپخت می شود. با این حال، مخلوط پرایمر تصادفی برای رونویسی معکوس RNA های بدون دم پلی(A) مانند rRNA، tRNA، RNA های غیر کد کننده، RNA های کوچک، mRNA های پروکاریوتی و غیره، RNA تخریب شده و RNA با ساختارهای ثانویه شناخته شده مناسب است.
Oligo dT چیست؟
پرایمر Oligo dT کششی از 12 تا 18 دئوکسی تیمین (dT) است. دنباله آغازگر را می توان به صورت 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 نشان داد. برای تولید cDNA از mRNA حاوی دم پلی (A) استفاده می شود. اساساً به عنوان یک آغازگر برای واکنش کاتالیز شده توسط ترانس کریپتاز معکوس عمل می کند. در طی رونویسی معکوس، پرایمر الیگو dT با دم پلی آدنیله که در انتهای 3' اکثر mRNA های یوکاریوتی یافت می شود، بازپخت می شود و فرآیند را آغاز می کند.
شکل 02: رونویسی معکوس با استفاده از اولیگو dT Primer
برخلاف پرایمر تصادفی، پرایمر oligo dT برای RNA یا RNA تجزیه شده که فاقد دم پلی (A) هستند، از جمله RNA و microRNA پروکاریوتی مناسب نیست.
شباهت‌های بین پرایمرهای تصادفی و Oligo dT چیست؟
- پرایمر تصادفی و پرایمر oligo dT دو نوع پرایمر هستند که در رونویسی معکوس و ساخت cDNA استفاده می شوند.
- استفاده از پرایمر تصادفی و پرایمر الیگو dT با هم حساسیت سنتز cDNA را افزایش می دهد.
- آنها توالی نوکلئوتیدی کوتاه تک رشته ای هستند.
تفاوت بین پرایمرهای تصادفی و Oligo dT چیست؟
پرایمر تصادفی یک توالی الیگونوکلئوتیدی کوتاه است که از یک توالی تصادفی تشکیل شده است.در همین حال، پرایمر oligo dT یک رشته کوتاه است که از 12 تا 18 دئوکسی تیمیدین تشکیل شده است. بنابراین، این تفاوت اصلی بین پرایمرهای تصادفی و الیگو dT است. دنباله پرایمر تصادفی 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G، A، T یا C است. در حالی که، دنباله پرایمر اولیگو dT 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3´ است.. بنابراین، می توانیم این را به عنوان تفاوت دیگری بین پرایمرهای تصادفی و الیگو dT در نظر بگیریم.
علاوه بر این، پرایمرهای تصادفی ویژگی الگو را نشان نمی دهند، و با هر گونه RNA بازپخت می شوند، در حالی که آغازگرهای oligo dT اختصاصیت را برای دم های poly(A) mRNA یوکاریوتی نشان می دهند.
اینفوگرافیک زیر تفاوت بین پرایمرهای تصادفی و الیگو dT را خلاصه می کند.
خلاصه - پرایمرهای تصادفی در مقابل اولیگو dT
پرایمر تصادفی و پرایمر oligo dT دو نوع پرایمر هستند که در سنتز cDNA استفاده می شوند.پرایمر تصادفی از مخلوطی از اولیگونوکلئوتیدها تشکیل شده است که نشان دهنده تمام توالی های هگزامر ممکن است، در حالی که پرایمر الیگو dT یک توالی تک رشته ای از 12 تا 18 دئوکسی تیمیدین است. بنابراین، این تفاوت اصلی بین پرایمرهای تصادفی و الیگو dT است. علاوه بر این، پرایمرهای الیگو dT برای رونویسی معکوس تمام طول RNA با دم پلی (A) مفید هستند، در حالی که آغازگرهای تصادفی برای رونویسی معکوس اکثر گونه‌های RNA، از جمله RNA تخریب‌شده، RNA فاقد دم پلی (A) و RNA حاوی RNA مفید هستند. ساختارهای ثانویه بنابراین، پرایمر تصادفی ویژگی الگو را نشان نمی دهد در حالی که پرایمر oligo dT به mRNA یوکاریوتی حاوی دم پلی (A) اختصاصی است.
