تفاوت اصلی بین الکتروفورز ژل آگارز و پلی آکریل آمید این است که در الکتروفورز ژل آگارز از ژل های آگارز ریخته شده به صورت افقی برای جداسازی قطعات نسبتاً بزرگتر DNA استفاده می شود، در حالی که الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید از ژل های پلی آکریل آمید عمودی برای جداسازی قطعات اسید نوکلئیک کوتاهتر استفاده می کند.
الکتروفورز نوعی تکنیک است که از میدان الکتریکی اعمال شده در سراسر ماتریس ژل برای جداسازی بیومولکول‌هایی مانند DNA، RNA و پروتئین‌ها استفاده می‌کند. این جداسازی مولکول های زیستی مانند DNA، RNA و پروتئین ها از طریق الکتروفورز بر اساس بار و اندازه است.نمونه ها در چاهک های ژل بارگذاری می شوند. بعداً، میدان الکتریکی در سراسر ژل اعمال می شود. میدان باعث می شود که مولکول های دارای بار منفی به سمت الکترود مثبت حرکت کنند. ماتریس ژل به عنوان یک غربال مولکولی عمل می کند که کوچکترین مولکول ها از آن عبور می کنند یا به سرعت حرکت می کنند در حالی که مولکول های بزرگتر به آرامی حرکت می کنند. این امکان جداسازی مولکول ها بر اساس بار و اندازه را فراهم می کند. بنابراین، الکتروفورز ژل آگارز و پلی آکریل آمید دو نوع تکنیک الکتروفورز ژل هستند که عمدتاً به جداسازی مولکول ها بر اساس اندازه و بار آنها کمک می کنند.
الکتروفورز ژل آگارز چیست؟
الکتروفورز ژل آگارز تکنیکی است که از ژل آگارز برای جداسازی مولکول‌های زیستی مانند DNA و RNA استفاده می‌کند. این تکنیکی است که برای جداسازی اسیدهای نوکلئیک عمدتاً بر اساس اندازه استفاده می شود. ترکیب اصلی به نام آگاروز که در این تکنیک استفاده می شود یک پلی ساکارید است. از جلبک های دریایی می آید. آگارز را می توان در بافر در حال جوش حل کرد و سپس در سینی که به صورت افقی نگهداری می شود ریخت.در سینی با سرد شدن جامد می شود و به شکل دال در می آید. ژل‌های آگارز با یک شانه در محل ریخته می‌شوند تا چاه‌هایی ایجاد شود که اسیدهای نوکلئیک مانند DNA یا RNA پس از جامد شدن ژل در آنها بارگیری می‌شوند.
شکل 01: الکتروفورز ژل آگارز
ژل بعداً در یک بافر مناسب غوطه ور می شود و جریانی در سراسر ژل اعمال می شود. DNA دارای یک بار منفی یکنواخت است که مستقل از ترکیب توالی مولکول است. بنابراین، مولکول های DNA از کاتد (-) به سمت آند (+) مهاجرت خواهند کرد. سرعت مهاجرت مستقیماً به اندازه مولکول بستگی دارد. بزرگترین ماکرومولکول ها سخت ترین زمان را برای حرکت در ژل دارند. از طرف دیگر، ماکرومولکول های کوچکتر به سرعت و به راحتی از ژل می لغزند.
الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید چیست؟
الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید (PAGE) تکنیکی است که از ژل های پلی آکریل آمید برای جداسازی بیومولکول ها استفاده می کند. این تکنیکی است که به طور گسترده ای برای جداسازی ماکرومولکول های بیولوژیکی، معمولا پروتئین ها و اسیدهای نوکلئیک، با توجه به تحرک الکتروفورتیک آنها استفاده می شود. هیدراتاسیون اکریلونیتریل منجر به تشکیل مولکول های آکریل آمید توسط نیتریل هیدراتاز می شود. آکریل آمید در آب محلول است و با افزودن آغازگرهای رادیکال آزاد، آکریل آمید پلیمریزه می شود و در نتیجه ژل پلی آکریل آمید تشکیل می شود. به طور معمول، افزایش غلظت آکریل آمید منجر به کاهش اندازه منافذ در ژل می شود. ژل های پلی آکریل آمید برخلاف ژل های آگارز به صورت عمودی ریخته می شوند.
شکل 02: الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید
در الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید، مولکول ها ممکن است در حالت اصلی خود کار کنند و ساختار مرتبه بالاتر مولکول ها را حفظ کنند. این روش PAGE بومی نامیده می شود. از طرف دیگر، یک دناتورانت شیمیایی نیز می تواند اضافه شود تا ساختار مرتبه بالاتر را حذف کند و مولکول را به یک مولکول بدون ساختار تبدیل کند که تحرک آن فقط به طول آن بستگی دارد. این نوع SDS-PAGE نامیده می شود.
شباهت های بین الکتروفورز ژل آگارز و پلی آکریل آمید چیست؟
- آگارز و الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید دو نوع تکنیک الکتروفورز ژل هستند.
- در واقع، آنها تکنیک های بیولوژیکی مولکولی هستند.
- هر دو روش برای شناسایی ماکرومولکول های بیولوژیکی مانند DNA و پروتئین ها استفاده می شوند.
- این تکنیک ها توسط تکنسین ها یا محققان ماهر انجام می شود.
- در هر دو تکنیک، جداسازی ماکرومولکول ها بر اساس بار و اندازه است.
- هر دو روش امکان جداسازی اسیدهای نوکلئیک مانند DNA و RNA را فراهم می کنند.
تفاوت بین الکتروفورز ژل آگارز و پلی آکریل آمید چیست؟
الکتروفورز ژل آگارز تکنیکی است که از ژل های آگارز ریخته شده به صورت افقی برای جداسازی مولکول های زیستی استفاده می کند، در حالی که الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید تکنیکی است که از ژل های پلی آکریل آمید ریخته شده عمودی برای جداسازی بیومولکول ها استفاده می کند. این تفاوت اصلی بین الکتروفورز ژل آگارز و پلی آکریل آمید است. علاوه بر این، الکتروفورز ژل آگارز برای جداسازی DNA و RNA استفاده می شود، در حالی که الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید برای جداسازی اسیدهای نوکلئیک مانند DNA، RNA، یا پروتئین ها استفاده می شود.
جدول زیر تفاوت بین الکتروفورز ژل آگارز و پلی آکریل آمید را خلاصه می کند.
خلاصه - الکتروفورز ژل آگارز در مقابل پلی آکریل آمید
آگارز و الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید دو نوع از تکنیک های الکتروفورز ژل هستند که در آزمایشگاه های زیست شناسی مولکولی استفاده می شوند.الکتروفورز ژل آگارز از ژل آگارز برای جداسازی بیومولکول ها استفاده می کند. آگارز به طور کلی برای انسان سمی نیست، در حالی که پلی آکریل آمید برای انسان سمی است. علاوه بر این، الکتروفورز ژل آگارز وضوح پایینی را نشان می دهد در حالی که الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید وضوح بیشتری را نشان می دهد. الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید از ژل پلی آکریل آمید برای جداسازی بیومولکول ها استفاده می کند. این خلاصه تفاوت بین الکتروفورز ژل آگارز و پلی آکریل آمید
