shRNA در مقابل siRNA
در طول فرآیند تداخل RNA (RNAi)، بیان یک ژن هدف با ویژگی و انتخاب پذیری بالا از بین می رود. RNAi یک فرآیند طبیعی است و شامل RNA مداخله گر کوچک (siRNA) و RNA سنجاق سر کوتاه (shRNA) و shRNA دو عملکردی است. در حال حاضر، RNAi به طور گسترده ای به عنوان ابزاری برای درمان شخصی سرطان استفاده می شود. کاربردهای RNAi اساساً با مولکول‌های siRNA دو رشته‌ای سنتز شده شیمیایی و مولکول‌های shRNA مبتنی بر بردار انجام می‌شود. اگرچه این دو مولکول نتایج عملکردی مشابهی دارند، اما در ساختارشان متفاوت هستند. بنابراین، مکانیسم‌های عمل مولکولی، مسیرهای RNA، و اثرات خارج از هدف این دو مولکول نیز متفاوت است.
shRNA
shRNA دنباله ای از مولکول RNA کوچک است که یک چرخش محکم به موی سر ایجاد می کند که می تواند برای خاموش کردن بیان ژن هدف در طول RNAi استفاده شود. بیان shRNA توسط یک ناقل به دست می آید که می تواند یک ویروس یا یک باکتری یا با تحویل پلاسمیدها باشد. آنها در هسته سلول ها سنتز می شوند و برای فرآیندهای بعدی به سیتوپلاسم منتقل می شوند. این مولکول ها دارای مسیرهای بلوغ مشابه miRNA هستند. بنابراین سنتز miRNA زمینه را برای درک سنتز shRNA فراهم کرده است. هر دو RNA پلیمراز II یا III می توانند shRNA را از طریق پروموترهای RNA پلیمراز II یا III رونویسی کنند. مزیت استفاده از shRNA ها این است که سرعت تخریب و جابجایی نسبتاً کمی دارند. نقطه ضعف آن این است که به یک بردار بیان نیاز دارد که ممکن است باعث برخی مشکلات ایمنی شود.
siRNA
siRNA ها مولکول های RNA دو رشته ای هستند که از 20 تا 25 جفت باز در طول تشکیل شده اند. اینها برای سرکوب ژن با خاموش کردن هر ژن با توالی نوکلئوتیدی مکمل در مسیر RNAi استفاده می شوند.نابودی ژن توسط انتقال siRNA اغلب به دلیل اثر گذرا ناموفق است. به خصوص در سلول هایی که به سرعت تقسیم می شوند و سرکوب بیشتر طول نمی کشد. برای غلبه بر این مشکل، siRNA با معرفی یک ساختار سنجاق سر کوتاه اصلاح شده است. این مولکول اصلاح شده سپس به عنوان shRNA شناخته می شود. shRNA باید توسط Dicer به siRNA تبدیل شود تا عملکرد طبیعی خود را ادامه دهد.
تفاوت بین shRNA و siRNA چیست؟
• برخلاف siRNA، shRNA یک ساختار گیره موی اضافی دارد. shRNA نسخه اصلاح شده siRNA است.
• shRNA به یک بردار بیان نیاز دارد، در حالی که siRNA نیازی ندارد.
• shRNA را می توان برای از بین بردن طولانی مدت استفاده کرد در حالی که siRNA را می توان فقط برای از بین بردن کوتاه مدت ژن ها استفاده کرد.
• برخلاف سرکوب ژن siRNA، سرکوب shRNA طولانی مدت است و اگر از طریق یک ناقل ویروسی مناسب وارد شود، ممکن است اثرات خاموش کننده ژن دائمی ایجاد کند.
• دایسر برای تبدیل مجدد shRNA به مولکول siRNA به منظور اجرای عملکردهای طبیعی آن مورد نیاز است.
