تفاوت اصلی بین داکینگ مولکولی و امتیازدهی در این است که داکینگ تکنیکی است که برای تعیین میل پیوند بین دو مولکول استفاده می شود در حالی که امتیازدهی فرآیندی است برای ارزیابی یک وضعیت خاص با شمارش تعداد برهمکنش های بین مولکولی مطلوب..
اصطلاح Docking و Scoring مولکولی در زمینه مدلسازی مولکولی استفاده می شود. مدلسازی مولکولی تکنیکی است که برای تعیین آرایش احتمالی مولکول‌های مختلف در یک ماده مورد استفاده قرار می‌گیرد. این تکنیک در ایجاد ترکیبات پایدار جدید مهم است.
Docking مولکولی چیست؟
اتصال مولکولی یک شبیه‌سازی محاسباتی اتصال لیگاند کاندید به یک گیرنده است.این روش جهت گیری ترجیحی یک مولکول به مولکول دیگر را در صورت اتصال به یکدیگر برای تشکیل یک کمپلکس پایدار پیش بینی می کند. نتایج به‌دست‌آمده از این تکنیک می‌تواند برای پیش‌بینی قدرت ارتباط یا میل پیوند بین دو مولکول استفاده شود. در اینجا، تابع امتیازدهی مولکولی نیز مهم است.
شکل 01: نمودار ساده ای که فرآیند برهمکنش های مولکولی را در سیستم های بیولوژیکی نشان می دهد
به طور کلی، این تکنیک مولکول های مرتبط بیولوژیکی مانند پروتئین ها، پپتیدها، اسیدهای نوکلئیک، کربوهیدرات ها و لیپیدها را در نظر می گیرد. این مولکول ها بسیار مهم هستند و نقش مهمی در مکانیسم های انتقال سیگنال در بدن ما دارند. بنابراین، جهت گیری دو مولکولی که قرار است برای این فرآیند انتقال سیگنال متصل شوند، بر نوع سیگنال تولید شده در اینجا تأثیر می گذارد.یعنی؛ اتصال مولکولی در تعیین قدرت و نوع سیگنال تولید شده در طول انتقال سیگنال در سیستم‌های بیولوژیکی مهم است.
علاوه بر این، تکنیک های اتصال مولکولی در طراحی داروهای مبتنی بر ساختار مهم هستند. این به دلیل قابل پیش بینی بودن ترکیب بندی اتصال مولکول های کوچک مانند لیگاندها به محل اتصال مناسب است.
امتیازدهی مولکولی چیست؟
نمره گذاری مولکولی نوعی تابع ریاضی است که در ارزیابی پیشرفت اتصال مولکولی مفید است. در زمینه شیمی محاسباتی، از توابع امتیازدهی برای پیش‌بینی میل پیوند بین دو مولکول پس از فرآیند اتصال استفاده می‌شود. به عنوان مثال، اگر ما یک مولکول کوچک از یک داروی ذره ای داشته باشیم و یک هدف بیولوژیکی مانند پروتئین وجود داشته باشد، می توانیم تمایل دارو را به محل اتصال ارزیابی کنیم. علاوه بر این، از امتیازدهی مولکولی می توان برای پیش بینی برهمکنش های بین مولکولی بین دو پروتئین یا بین یک پروتئین و مولکول DNA استفاده کرد.
شکل 02: عملکرد امتیازدهی به طور خلاصه
کاربرد عمده امتیازدهی مولکولی در فرآیندهای طراحی دارو است - به عنوان مثال، غربالگری مجازی، طراحی جدید، بهینه سازی سرب، و غیره.
تفاوت بین اتصال مولکولی و امتیاز دهی چیست؟
داکینگ مولکولی و امتیازدهی در مدلسازی مولکولی مهم است. تفاوت اصلی بین داکینگ مولکولی و امتیازدهی در این است که داکینگ تکنیکی است که برای تعیین میل اتصال بین دو مولکول استفاده می‌شود، در حالی که امتیازدهی فرآیندی است برای ارزیابی یک وضعیت خاص با شمارش تعداد برهم‌کنش‌های بین مولکولی مطلوب.
اینفوگرافیک زیر تفاوت بین اتصال مولکولی و امتیازدهی را خلاصه می کند.
خلاصه - اتصال مولکولی در مقابل امتیازدهی
داکینگ مولکولی و امتیازدهی در مدلسازی مولکولی مهم است. تفاوت اصلی بین داکینگ مولکولی و امتیازدهی در این است که داکینگ تکنیکی است که برای تعیین میل اتصال بین دو مولکول استفاده می‌شود، در حالی که امتیازدهی فرآیندی است برای ارزیابی یک وضعیت خاص با شمارش تعداد برهم‌کنش‌های بین مولکولی مطلوب.
