تفاوت اصلی بین ترجمه نیک و پرکردن انتهایی در این است که ترجمه نیک فرآیندی است که پروب‌های DNA برچسب‌دار را برای واکنش‌های هیبریداسیون مختلف ایجاد می‌کند، در حالی که پر کردن انتهایی تکنیکی است که با افزودن نوکلئوتیدها به برآمدگی‌های تک رشته‌ای، قطعات کند شده ایجاد می‌کند.
ترجمه نیک و پر کردن انتهایی دو تکنیک مورد استفاده در زیست شناسی مولکولی هستند. ترجمه نیک برای برچسب زدن پروب ها برای هیبریداسیون به منظور شناسایی توالی های نوکلئوتیدی خاص استفاده می شود. پر کردن انتهایی برای ساخت قطعات کند شده که دارای انتهای چسبنده با برآمدگی های تک رشته ای هستند استفاده می شود. هر دو تکنیک اهمیت زیادی دارند و به طور معمول در آزمایشگاه های تحقیقاتی مولکولی انجام می شوند.
نیک ترجمه چیست؟
Nick translation یک تکنیک مهم است که برای تهیه پروب های نشاندار شده برای تکنیک های مختلف بیولوژیکی مولکولی مانند بلات، هیبریداسیون درجا، هیبریداسیون درجا فلورسنت و غیره استفاده می شود. این یک روش in vitro برای برچسب زدن DNA است. پروب های DNA برای شناسایی توالی های خاص DNA یا RNA استفاده می شوند. با کمک یک کاوشگر نشاندار، می توان قطعات خاصی را از مخلوط پیچیده اسید نوکلئیک علامت گذاری کرد یا مشاهده کرد. بنابراین پروب های برچسب دار با استفاده از تکنیک های مختلف تهیه می شوند. ترجمه نیک یکی از این روش‌ها است که با کمک آنزیم‌های DNase 1 و DNA polymerase 1، پروب‌های نشاندار تولید می‌کند.
شکل 01: نیک ترجمه
فرآیند ترجمه Nick با فعالیت آنزیم DNase 1 شروع می شود. DNase 1 با بریدن پیوندهای فسفودی استر بین نوکلئوتیدها، شکاف هایی را به ستون فقرات فسفات DNA دو رشته ای وارد می کند. پس از ایجاد نیکه، گروه آزاد 3' OH از نوکلئوتید تولید می‌شود و آنزیم DNA پلیمراز 1 روی آن اثر می‌گذارد. فعالیت اگزونوکلئاز 5' تا 3' DNA پلیمراز 1 نوکلئوتیدها را از شیار به سمت 3' رشته DNA حذف می کند.
به طور همزمان، فعالیت پلیمراز آنزیم DNA پلیمراز 1 کار می کند و نوکلئوتیدها را برای جایگزینی نوکلئوتیدهای حذف شده اضافه می کند. اگر نوکلئوتیدها نشاندار شوند، جایگزینی با نوکلئوتیدهای نشاندار شده انجام می شود و DNA را برای شناسایی علامت گذاری می کند. در نهایت، این DNA نشاندار شده جدید سنتز شده می تواند به عنوان پروب در واکنش های هیبریداسیون مختلف استفاده شود.
End Filling چیست؟
پر کردن انتهایی تکنیکی است که در زیست شناسی مولکولی برای ساخت قطعات کند شده استفاده می شود. هضم محدود، قطعاتی با برآمدگی تولید می کند. این قطعات ممکن است برای بستن در وکتورهای پلاسمید سازگار نباشند.بردارها اغلب کمرنگ می شوند تا به انتهای ناسازگار متصل شوند. بنابراین، قطعات دارای برآمدگی را می توان با افزودن نوکلئوتیدها به رشته مکمل و با استفاده از اورهنگ به عنوان الگوی پلیمریزاسیون، کمرنگ کرد. این فرآیند به عنوان پر کردن انتهایی شناخته می شود.
DNA پلیمرازها مانند قطعه کلنو از DNA پلیمراز I و T4 DNA پلیمراز پر شدن انتهایی را کاتالیز می کنند. آنها نوکلئوتیدها را برای پر کردن (5' → 3') و جویدن دوباره (3' → 5') اضافه می کنند. هنگامی که انتهای چسبنده پر می شوند، صاف می شوند و آماده هستند تا به یک بردار متصل شوند.
علاوه بر این، می توان از پر کردن انتهایی برای برچسب زدن مولکول های DNA استفاده کرد. با این حال، فقط می توان از آن برای برچسب زدن مولکول های DNA با انتهای چسبنده استفاده کرد. در مقایسه با ترجمه نیک، پر کردن انتهایی روش ملایم تری است که به ندرت باعث شکسته شدن DNA می شود.
شباهت‌های بین Nick Translation و End Filling چیست؟
- هم ترجمه نیک و هم پرکردن انتهایی تکنیک های بیولوژیکی مولکولی هستند.
- می توان از آنها برای برچسب زدن پروب ها استفاده کرد.
- هر دو در شرایط آزمایشگاهی هستند
تفاوت بین Nick Translation و End Filling چیست؟
Nick translation تکنیکی است که پروب های برچسب دار را برای هیبریداسیون ایجاد می کند. در مقابل، پر کردن انتهایی تکنیکی است که قطعات بی‌نظمی را برای بستن به وکتورها ایجاد می‌کند. بنابراین، این تفاوت اصلی بین ترجمه نیک و پر کردن انتهای است. علاوه بر این، ترجمه نیک نیاز به استفاده از فعالیت اگزونوکلئاز 5 به 3 دارد در حالی که پر کردن انتهایی به فعالیت اگزونوکلئازی 5 تا 3 نیاز ندارد.
اینفوگرافیک زیر تفاوت‌های بین ترجمه نیک و پر کردن انتهای را با جزئیات بیشتری نشان می‌دهد.
خلاصه - ترجمه نیک در مقابل پایان پر کردن
Nick translation روشی است که نوکلئوتیدهای نشاندار شده رادیویی را در DNA ترکیب می کند. این پروب های نشاندار شده را بر اساس فعالیت آنزیم های DNase 1 و E. coli DNA polymerase 1 سنتز می کند. از طرف دیگر، پر کردن انتهایی، تکنیکی است که باعث ایجاد تکه های بلانت می شود. هنگامی که قطعات دارای انتهای چسبنده هستند (برآمدگی های تک رشته ای)، لازم است که انتهای آنها را صاف کنیم تا در بردارها بسته شوند. پر کردن انتهایی نوکلئوتیدهای سازگار را اضافه می کند و قطعات انتهایی صاف ایجاد می کند تا آنها را برای بستن سازگار کند. بنابراین، این تفاوت بین ترجمه نیک و پر کردن انتهایی را خلاصه می کند.
