تفاوت کلیدی – Nick Translation vs Primer Extension
ترجمه نیک و گسترش پرایمر دو تکنیک مهمی هستند که در زیست شناسی مولکولی انجام می شوند. تفاوت اصلی بین ترجمه نیک و گسترش پرایمر در این است که فرآیند ترجمه نیک پروب های نشاندار را برای سایر تکنیک های هیبریداسیون تولید می کند در حالی که روش گسترش پرایمر یک توالی RNA خاص را از یک مخلوط شناسایی می کند و اطلاعاتی را در مورد بیان mRNA نشان می دهد. هر دو تکنیک اهمیت زیادی دارند و به طور معمول در آزمایشگاه‌های تحقیقاتی مولکولی انجام می‌شوند.
نیک ترجمه چیست؟
Nick translation یک تکنیک مهم است که برای تهیه پروب های برچسب دار برای تکنیک های مختلف بیولوژیکی مولکولی مانند بلات، هیبریداسیون درجا، هیبریداسیون فلورسنت درجا و غیره استفاده می شود.این یک روش آزمایشگاهی برای نشان‌گذاری DNA است. پروب های DNA برای شناسایی توالی های خاص DNA یا RNA استفاده می شوند. با کمک یک کاوشگر نشاندار، می توان قطعات خاصی را از مخلوط پیچیده اسید نوکلئیک علامت گذاری کرد یا مشاهده کرد. بنابراین، پروب های برچسب دار با استفاده از تکنیک های مختلف برای استفاده در تکنیک های مختلف تهیه می شوند. ترجمه نیک یکی از این روش‌ها است که با کمک آنزیم‌های DNase 1 و DNA polymerase 1، پروب‌های نشاندار تولید می‌کند.
فرایند ترجمه نیک با فعالیت آنزیم DNase 1 شروع می شود. DNase 1 با بریدن پیوندهای فسفودی استری بین نوکلئوتیدها، شکاف هایی را در ستون فقرات فسفات DNA دو رشته ای ایجاد می کند. پس از ایجاد نیکل، گروه OH آزاد 3 از نوکلئوتید تولید می شود و آنزیم DNA پلیمراز 1 روی آن اثر می گذارد. فعالیت اگزونوکلئاز 5 تا 3 DNA پلیمراز 1 نوکلئوتیدها را از شیار به سمت جهت 3 رشته DNA حذف می کند. به طور همزمان، فعالیت پلیمراز آنزیم DNA پلیمراز 1 کار می کند و نوکلئوتیدها را برای جایگزینی نوکلئوتیدهای حذف شده اضافه می کند.اگر نوکلئوتیدها نشاندار شده باشند، جایگزینی توسط نوکلئوتیدهای نشاندار شده انجام می شود و DNA را برای شناسایی علامت گذاری می کند. این DNA نشاندار جدید سنتز شده را می توان به عنوان پروب در واکنش های هیبریداسیون مختلف در زیست شناسی مولکولی استفاده کرد.
شکل 01: فرآیند ترجمه نیک
Primer Extension چیست؟
گسترش پرایمر تکنیکی است که برای یافتن توالی RNA خاص از مخلوط RNA و تعیین محل انتهای 5' رونوشت mRNA استفاده می شود. همچنین برای مطالعه ساختار RNA و بیان استفاده می شود. روش گسترش پرایمر با پرایمرهای نشاندار یا با نوکلئوتیدهای نشاندار انجام می شود. اگر از پرایمرهای نشاندار استفاده شود، نیاز به برچسب زدن نوکلئوتیدهایی که برای سنتز cDNA استفاده می شوند را حذف می کند.چندین مرحله در این تکنیک وجود دارد. با استخراج RNA از نمونه شروع می شود. سپس یک آغازگر اولیگونوکلئوتیدی نشاندار شده همراه با مواد لازم برای سنتز cDNA یک توالی RNA خاص به مخلوط اضافه می شود. پرایمر با توالی مکمل از مخلوط آنیل می شود. با استفاده از توالی آنیل شده پرایمر به عنوان الگو، آنزیم ترانس کریپتاز معکوس DNA مکمل (cDNA) توالی RNA را سنتز می کند. بازپخت پرایمر و رونویسی معکوس تنها زمانی رخ می دهد که توالی RNA خاص در نمونه وجود داشته باشد. در نهایت، هنگامی که الکتروفورز ژل دناتوره انجام می شود، می توان اندازه توالی RNA را تعیین کرد. همچنین یافتن پایه +1 دنباله mRNA (محل شروع رونویسی) با روش گسترش پرایمر آسان است. در صورت استفاده از پرایمر اضافی، مقدار mRNA موجود در نمونه را می توان با این روش تعیین کرد.
شکل 02: پسوند آغازگر
تفاوت بین Nick Translation و Primer Extension چیست؟
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| ترجمه نیک فرآیندی است که پروب های DNA نشاندار شده را برای واکنش های هیبریداسیون مختلف ایجاد می کند. | گسترش پرایمر تکنیکی است که برای یافتن RNA خاص یا مطالعه بیان ژن استفاده می شود. |
| آنزیم های استفاده شده | |
| DNase 1 و آنزیم DNA پلیمراز استفاده می شود. | آنزیم ترانس کریپتاز معکوس استفاده می شود. |
| اهمیت | |
| ترجمه نیک علامت گذاری توالی DNA خاص را تسهیل می کند. | پسوند پرایمر تشخیص اندازه توالی mRNA خاص و مقدار موجود در نمونه را امکان پذیر می کند. |
خلاصه - Nick Translation vs Primer Extension
Nick translation روشی است که برای سنتز پروب های نشاندار بر اساس فعالیت آنزیم های DNase 1 و E coli DNA polymerase 1 استفاده می شود. این یک روش آزمایشگاهی است که در آزمایشگاه ها قبل از تکنیک های مختلف هیبریداسیون استفاده می شود. در طول ترجمه نیک، فعالیت اگزونوکلئاز 5'-3' DNA پلیمراز 1 نوکلئوتیدها را جلوتر از نیکل حذف می کند و فعالیت پلیمراز DNA پلیمراز 1 نوکلئوتیدهای حذف شده را با نوکلئوتیدهای نشاندار پشت نیکل جایگزین می کند. پسوند پرایمر روشی است که برای تشخیص رونوشت RNA خاص از مخلوط و تعیین کمیت اندازه و مقدار RNA مورد استفاده استفاده می شود. این تفاوت بین ترجمه نیک و پسوند پرایمر است.
