تفاوت اصلی بین پروفایل پلی زومی و پروفایل ریبوزوم در این است که پروفایل پلی زومی رفتار ریبوزوم را با استفاده از ریبوزوم و mRNA (پلی زوم) در طول ترجمه تجزیه و تحلیل می کند، در حالی که پروفایل ریبوزوم رفتار ریبوزوم را تنها با استفاده از توالی mRNA در طول ترجمه تجزیه و تحلیل می کند.
ترجمه مرحله دوم سنتز پروتئین است که اطلاعات موجود در mRNA را به یک توالی اسید آمینه تبدیل می کند. Translatomics مطالعه ORF ها (قاب های خواندن باز) است که به طور فعال در سلول یک موجود زنده ترجمه می شوند. تکنیک‌های پروفایل پلیزومی و ریبوزومی دو نوع تکنیک در زمینه زیست‌شناسی مولکولی برای ارزیابی و استنتاج پارامترهای مختلف در زمینه تجزیه و تحلیل ترانسلاتوم هستند.
پروفایل پلیزومی چیست؟
پروفایل پلی زومی تکنیکی است که با تجزیه و تحلیل رفتار ریبوزوم و mRNA (پلی زوم) وضعیت ترجمه یک mRNA خاص را استنباط می کند. به عبارت دیگر، این تکنیک داده ها و نتیجه گیری هایی را در مورد ارتباط mRNA ها با ریبوزوم ها ارائه می دهد. پلی‌زوم به گروهی از ریبوزوم‌های متصل به mRNA مربوط می‌شود که در طول فاز ازدیاد طول ترجمه وجود دارد.
شکل 01: پروفایل چند زومی
پروفایل پلی زومی به لیز سلولی نیاز دارد که سپس سانتریفیوژ می شود. سپس نمونه سانتریفیوژ شده بر اساس چگالی آنها جدا می شود تا زیر واحدهای کوچک و بزرگ ریبوزوم ها و mRNA مربوطه که در تشکیل پلی زوم دخیل هستند مشخص شود.علاوه بر این، این فرآیند همچنین شامل اندازه گیری چگالی نوری است. برای انجام پروفایل پلی زومی به متخصصان نیاز است.
تکنیک پروفایل پلی زومی ابزار مهمی برای بسیاری از کاربردها است. دانشمندان از این تکنیک برای مطالعه میزان ترجمه در سلول ها استفاده می کنند. به طور خاص، ابزاری برای ارائه اطلاعات دقیق در مورد مطالعه تک تک پروتئین ها و mRNA های خاص آنها است. در زمینه مطالعه میزان ترجمه یک mRNA خاص، تکنیک پروفایل سازی پلی زومی حیاتی است. در اینجا، توالی‌های 3 و 5 mRNA را می‌توان با توجه به تأثیر آنها بر میزان mRNA تولید شده و سطح ترجمه بررسی کرد.
پروفایلینگ ریبوزوم چیست؟
پروفایل ریبوزوم تکنیکی است که رفتار ریبوزوم را با توجه به mRNA آن در طول ترجمه تجزیه و تحلیل می کند. این تکنیک توسط Joan Steitz و Marilyn Kozak پیدا و توسعه داده شد. بعداً این فناوری توسط دو دانشمند به نام‌های نیکلاس و جاناتان در ترکیب با توالی‌یابی نسل بعدی توسعه یافت که منجر به توسعه تکنیک‌های مختلف مرتبط مانند ترجمه روش تصفیه ریبوزوم (TRAP) شد.
شکل 02: توالی ریبوزوم
روش پروفایل ریبوزوم شامل جداسازی mRNA، حذف RNAی که به ریبوزوم ها متصل نیست و جداسازی mRNA متصل به ریبوزوم ها است. به دنبال این روش، جدایه mRNA رونویسی معکوس می شود و سنتز cDNA انجام می شود. در نهایت، داده‌های توالی را می‌توان با پروفایل ترجمه‌ای هم‌تراز کرد تا ویژگی‌های رفتار ریبوزوم را با توجه به mRNA استنباط کرد.
پروفایل ریبوزوم به بسیاری از محققان کمک می کند تا مکان مکان های شروع ترجمه، مکمل فریم های خواندن باز ترجمه شده (ORFs) در یک سلول یا بافت، توزیع ریبوزوم ها بر روی mRNA، و سرعت ترجمه را شناسایی و استنباط کنند. ترجمه ریبوزوم هاپروفایل ریبوزوم به عنوان ردپای ریبوزوم یا Ribo Seq نیز شناخته می شود.
شباهت های بین پروفایل پلیزومی و پروفایلینگ ریبوزومی چیست؟
- پروفایل پلی زومی و ریبوزومی تکنیک های بیولوژیکی مولکولی مهم در تحقیقات هستند.
- آنها اطلاعاتی در مورد فرآیند ترجمه ارائه می دهند.
- هر دو فرآیند نمایه سازی داده ها را از طریق تجزیه و تحلیل translatome ارائه می دهند.
- برای اجرای هر دو تکنیک برای نتایج دقیق به کارشناسان حرفه ای نیاز است.
- ابزارهای بیوانفورماتیک نقش مهمی در هر دو تکنیک دارند.
تفاوت بین پروفایل پلیزومی و پروفایل ریبوزومی چیست؟
پروفایل پلیزومی رفتار ریبوزوم را با استفاده از ریبوزوم و mRNA (پلی‌زوم) در طول ترجمه تجزیه و تحلیل می‌کند، در حالی که پروفایل ریبوزوم رفتار ریبوزوم را تنها با استفاده از توالی mRNA در طول ترجمه تجزیه و تحلیل می‌کند.بنابراین، این تفاوت کلیدی بین پروفایل پلی زومی و پروفایل ریبوزوم است. علاوه بر این، پروفایل پلیزومی شامل تکنیک‌هایی مانند سانتریفیوژ گرادیان چگالی و اندازه‌گیری چگالی نوری است، در حالی که پروفایل ریبوزوم شامل استخراج mRNA و تکنیک‌های توالی‌یابی است. همچنین، پروفیل ریبوزوم دقیق‌تر از پروفایل پلیزومی است.
اینفوگرافیک زیر تفاوت‌های بین پروفایل پلیزومی و ریبوزوم را به شکل جدولی برای مقایسه کنار هم نشان می‌دهد.
خلاصه - پروفایل چند زومی در مقابل پروفایل ریبوزوم
ترجمه مرحله دوم سنتز پروتئین است که شامل تبدیل اطلاعات روی توالی mRNA به یک توالی اسید آمینه است. این فرآیند به یک الگوی mRNA، ریبوزوم ها، اسیدهای آمینه، tRNA و عوامل دیگر نیاز دارد. پروفایل پلی زوم و ریبوزوم دو تکنیک مولکولی هستند. پروفایل پلیزومی رفتار ریبوزوم را با استفاده از ریبوزوم و mRNA (پلی زوم) در طول ترجمه تجزیه و تحلیل می کند، در حالی که پروفایل ریبوزوم رفتار ریبوزوم را تنها با استفاده از توالی mRNA در طول ترجمه تجزیه و تحلیل می کند.پروفیل پلیزومی شامل تکنیک‌هایی مانند سانتریفیوژ کردن گرادیان چگالی و اندازه‌گیری چگالی نوری است. پروفایل ریبوزوم شامل تکنیک هایی مانند استخراج mRNA، سنتز cDNA و تعیین توالی است. بنابراین، این تفاوت بین پروفایل پلیزومی و پروفایل ریبوزوم را خلاصه می‌کند.
