تفاوت کلیدی – بالادست در مقابل DNA پایین دست
داشتن دانش کلی در مورد ترکیب و ساختار DNA برای درک تفاوت بین DNA بالادست و پایین دست مهم است. DNA از زنجیره های پلی نوکلئوتیدی تشکیل شده است. نوکلئوتیدها بلوک های ساختمانی هستند که زنجیره های پلی نوکلئوتیدی را ایجاد می کنند و هر نوکلئوتید از سه جزء تشکیل شده است: یک قند پنج کربنه، یک پایه نیتروژنی و یک گروه فسفات. یک گروه فسفات و یک گروه OH به ترتیب به کربن موقعیت 5 و کربن موقعیت 3 مولکول قند در یک نوکلئوتید متصل می شوند. نوکلئوتیدها توسط پیوندهای فسفودی استری که بین گروه فسفات 5' یک نوکلئوتید و گروه OH 3' نوکلئوتید مجاور تشکیل شده اند، به یکدیگر متصل می شوند.اگر یک زنجیره پلی نوکلئوتیدی دارای یک گروه فسفات 5 آزاد باشد، به عنوان انتهای 5' اختصاص داده می شود. اگر یک گروه OH 3’ آزاد داشته باشد، به عنوان انتهای 3’ اختصاص داده می شود. بنابراین، رشته‌های DNA معمولاً با توجه به موقعیت‌های انتهایی زنجیره‌های پلی نوکلئوتیدی دارای انتهای 5 و 3 هستند. DNA نیز به صورت دو رشته ای وجود دارد. دو رشته ضد موازی با یکدیگر هستند. بنابراین، DNA دارای دو رشته است که در جهت 5 به 3 و جهت 3 به 5 هستند. DNA بالادست و پایین دست با ارجاع به رونویسی و سنتز رشته mRNA 5 به 3 اشاره می شود. اگر DNA به سمت انتهای 5 رشته کد کننده از محل شروع رونویسی در نظر گرفته شود، به عنوان DNA بالادست شناخته می شود. اگر DNA به سمت انتهای 3 از رشته کد کننده از محل شروع رونویسی در نظر گرفته شود به عنوان DNA پایین دست شناخته می شود. این تفاوت کلیدی بین DNA بالادست و پایین دست است.
DNA Upstream چیست؟
ژن یک وراثت واحد ساختاری و عملکردی است که روی DNA یک موجود زنده قرار دارد.با دستورالعمل هایی برای ساخت پروتئین ذخیره می شود. این ژن دارای ناحیه خاصی از یک مولکول DNA است. در صورت نیاز، رونویسی می کند و از طریق سنتز یک رشته mRNA به پروتئین تبدیل می شود. به طور معمول یک رشته کد کننده ژن از جهت 5 تا 3 حرکت می کند. هنگامی که رونویسی می شود، یک رشته mRNA را به همان جهت 5 تا 3 تولید می کند. در طول رونویسی، رشته آنتی سنس 3 تا 5 به عنوان رشته الگو خدمت میکند و سنتز mRNA را آغاز میکند. یک محل شروع رونویسی در ژن وجود دارد. با اشاره به محل شروع رونویسی، ناحیه DNA به سمت انتهای 5 رشته کد کننده به عنوان DNA بالادست شناخته می شود. یک پروموتر ژن معمولاً در ناحیه بالادست DNA قرار دارد. در ژن‌های یوکاریوتی، جعبه‌های TATA، عناصر پروگزیمال پروموتر و تقویت‌کننده‌ها در ناحیه بالادست ژن وجود دارد. ناحیه بالادست ژن با اعداد منفی ارجاع می شود. DNA بالادست یک ژن برای رونویسی بسیار مهم است.
DNA پایین دست چیست؟
محل شروع رونویسی به عنوان نقطه +1 یک ژن شناخته می شود. ناحیه DNA از نقطه +1 به سمت انتهای 3 رشته کد کننده به عنوان DNA پایین دست شناخته می شود. به عبارت دیگر، پایین دست ژن از محل شروع رونویسی به سمت انتهای ۵ رشته الگو است. بنابراین، DNA پایین دست یک ناحیه ژن شامل واحد رونویسی و توالی های دیگری مانند توالی پایان دهنده است. پروموتر می تواند توالی پایین دست یک ژن را تحت تأثیر قرار دهد. قسمت پایین دستی یک ژن با اعداد مثبت ارجاع می شود. DNA پایین دستی یک ژن منطقه واقعی است که محصول پروتئین را می دهد.
شکل 01: بالادست و پایین دست DNA
تفاوت بین DNA Upstream و Downstream چیست؟
بالادست در مقابل DNA پایین دست |
|
| ناحیه DNA به سمت انتهای ۵ دنباله کدکننده از محل شروع رونویسی به عنوان DNA بالادست شناخته می شود. | ناحیه DNA به سمت انتهای 3 رشته کد کننده از محل شروع رونویسی به عنوان DNA پایین دست شناخته می شود. |
| عناصر | |
| موجودها و تقویت کننده ها در DNA بالادست قرار دارند | واحد رونویسی و توالی های پایان دهنده در DNA پایین دست قرار دارند. |
| شماره‌گذاری | |
| نوکلئوتیدها در ناحیه بالادست با اعداد منفی ارجاع می شوند | نوکلئوتیدها با اعداد مثبت ارجاع می شوند. |
| عملکرد | |
| این منطقه حاوی عناصر لازم برای تنظیم و شروع رونویسی است | این ناحیه حاوی دستورالعمل تولید پروتئین و پایان دادن به رونویسی است |
خلاصه - بالادست در مقابل DNA پایین دست
تشخیص بالادست و پایین دست یک رشته RNA آسان است. با توجه به محل مرجع، ناحیه ای به سمت انتهای 5 رشته RNA به عنوان RNA بالادستی شناخته می شود در حالی که ناحیه به سمت انتهای 3 به عنوان RNA پایین دست شناخته می شود. با این حال، در DNA، دو رشته وجود دارد که در هر دو جهت 5' تا 3' و 3' تا 5' قرار دارند. از این رو، تفاوت بین DNA بالادست و پایین دست پیچیده است. بنابراین، با توجه به رونویسی یک ژن تمایز داده می شود. از محل شروع رونویسی به سمت انتهای 5 رشته حسی، منطقه DNA به عنوان DNA بالادست شناخته می شود در حالی که از محل شروع رونویسی به سمت انتهای 3 رشته حس به عنوان DNA پایین دست شناخته می شود.این تفاوت بین بالادست و پایین دست DNA است.
