تفاوت کلیدی بین CDS و ORF در این است که CDS آن توالی نوکلئوتیدی واقعی یک ژن است که به پروتئین تبدیل می شود در حالی که ORF امتدادی از توالی DNA است که با محل شروع ترجمه (کدون شروع) شروع می شود و با یک ژن به پایان می رسد. سایت پایان ترجمه (کدون توقف).
یک ژن دارای یک توالی کد کننده (CDS) است. از کل اگزون های ژن و یک کدون شروع و یک کدون توقف تشکیل شده است. این بخش واقعی ژن است که پروتئین را ترجمه و تولید می کند. چارچوب خواندن باز یا ORF یک توالی نوکلئوتیدی است که بین کدون شروع و کدون توقف قرار دارد. هیچ کدون توقفی در داخل یک ORF وجود ندارد که کد ژنتیکی را که به پروتئین تبدیل می‌شود، قطع کند.در پروکاریوت ها، CDS و ORF یک ژن یکسان است.
CDS چیست؟
CDS یا توالی کدکننده بخشی از ژن است که در واقع به پروتئین تبدیل می شود. این شامل اگزون و دو کدون معروف به کدون AUG و کدون توقف است. CDS شامل دو منطقه ترجمه نشده نیست: 5 اینچ UTR و 3 اینچ UTR. علاوه بر این، اینترون ها در CDS گنجانده نشده اند.
شکل 01: دنباله کدنویسی
در مقایسه با کل ژنوم یک فرد، توالی های کدکننده کسر کوچکی هستند. توالی کد کننده شامل توالی نوکلئوتیدی لازم برای ساخت توالی اسید آمینه پروتئین است. بنابراین، CDS اگزون های متمرکزی هستند که می توانند به سه گانه نوکلئوتیدی یا کدون تقسیم شوند. کدون ها اسیدهای آمینه ایجاد می کنند.
ORF چیست؟
قاب خواندن باز یا ORF کشش پیوسته یک توالی نوکلئوتیدی است که با یک کدون شروع شروع می شود و با یک کدون توقف به پایان می رسد.به عبارت ساده، ORF به ناحیه ای از توالی نوکلئوتیدی که بین کدون های شروع و توقف قرار دارد اشاره دارد. در این بین، هیچ کدون توقفی وجود ندارد که ORF را قطع کند. توالی نوکلئوتیدی بین کدون شروع و توقف اسیدهای آمینه را کد می کند. به طور کلی، کدون شروع ATG است در حالی که کدون های توقف TAG، TAA و TGA هستند. ORF هنگام رونویسی و ترجمه پروتئینی کاربردی می دهد. از این رو، ORF شامل یک کدون شروع، چندین کدون در ناحیه میانی و یک کدون توقف است. جالب است که ORF طولی دارد که می توان آن را بر سه تقسیم کرد.
شکل 02: باز کردن قاب خواندن
در پروکاریوت ها، از آنجایی که هیچ اینترون وجود ندارد، ORF توالی کدکننده ژنی است که مستقیماً به mRNA رونویسی می کند. بنابراین CDS و PRF در پروکاریوت ها یکسان هستند. هنگام جستجوی ژن در پروکاریوت ها، تشخیص ORF و یافتن ژن در پروکاریوت ها آسان است.در یوکاریوت ها، از آنجایی که اینترون وجود دارد، ORF دنباله کدونی است که پس از پردازش یا پیوند RNA تشکیل می شود. ORF مدرکی است که تا زمانی که ORF بخشی از یک ژن باشد به پیش بینی ژن کمک می کند.
شباهت های بین CDS و ORF چیست؟
- در پروکاریوتها CDS و ORF یکسان هستند.
- هر دو کدون شروع و استاپ دارند.
- آنها تعدادی نوکلئوتید دارند که می توان آنها را بر سه تقسیم کرد.
- پس از ترجمه، توالی اسید آمینه تولید می کنند.
تفاوت بین CDS و ORF چیست؟
CDS بخشی واقعی از ژن است که به پروتئین ترجمه می شود در حالی که ORF کشش DNA بین کدون شروع و کدون توقف است. بنابراین، این تفاوت اصلی بین CDS و ORF است. علاوه بر این، CDS حاوی اینترون نیست، اما ORF ممکن است حاوی اینترون باشد. CDS به طور کامل به یک توالی mRNA کامل رونویسی می کند در حالی که ORF می تواند بخشی از توالی mRNA باشد.بنابراین، این تفاوت دیگری بین CDS و ORF است.
در زیر جداول اینفوگرافیک در کنار هم تفاوت بین CDS و ORF را نشان می دهد.
خلاصه - CDS در مقابل ORF
CDS و ORF دو بخش مهم یک ژن هستند. CDS به ناحیه واقعی DNA که به پروتئین تبدیل می شود اشاره دارد. ORF دنباله ای از DNA است که با کدون شروع "ATG" شروع می شود و به هر یک از سه کدون پایانی (TAA، TAG یا TGA) ختم می شود. ORF ممکن است بخشی از mRNA کامل یک ژن باشد. با این حال، توالی کد کننده یک ژن به دنباله mRNA کامل رونویسی می کند. همه CDS ها ORF هستند. اما همه ORF ها CDS نیستند. بنابراین، این تفاوت بین CDS و ORF را خلاصه می کند.
