تفاوت اصلی بین گلدن گیت و اسمبلی گیبسون در این است که گلدن گیت به وجود مکان‌های محدودیت در یک توالی خاص برای شبیه‌سازی متکی است، در حالی که اسمبلی گیبسون به وجود مکان‌های محدودیت در یک توالی خاص متکی نیست. شبیه سازی شود.
در دهه‌های گذشته، دانشمندان مولکولی روش‌های استاندارد مختلفی را توسعه داده‌اند که امکان مونتاژ آسان‌تر قطعات DNA متعدد را در یک قطعه واحد فراهم می‌کند. بنابراین روش های شبیه سازی مانند بستن آنزیم محدود، کلون سازی دروازه، مونتاژ گیبسون، مجموعه گلدن گیت و کلونینگ TOPO به طور گسترده توسط محققان در آزمایش های علمی استفاده می شود.بنابراین، گلدن گیت و مونتاژ گیبسون دو روش شبیه‌سازی مولکولی هستند که امکان مونتاژ چند قطعه DNA را در یک قطعه واحد فراهم می‌کنند.
مجموعه گلدن گیت چیست؟
گلدن گیت یک روش شبیه سازی مولکولی است که مونتاژ چند قطعه DNA را در یک قطعه تسهیل می کند. این روش متکی بر وجود مکان‌های محدودکننده در یک توالی خاص است که باید شبیه‌سازی شود. این روش در سال 1996 ایجاد شد. این تکنیک از آنزیم های محدود کننده نوع IIS و T4 DNA لیگاز استفاده می کند. این آنزیم ها DNA را در خارج از مکان های تشخیص قطع می کنند. آنها می توانند برآمدگی های غیر پالیندرومیک ایجاد کنند. بنابراین، قطعات متعددی از DNA را می توان با استفاده از ترکیب توالی های overhang جمع آوری کرد.
شکل 01: گلدن گیت
رویه مونتاژ گلدن گیت
تکنیک گلدن گیت سه مرحله اصلی در روند خود دارد:
- ایجاد overhang در بردار شبیه سازی،
- مجموعه درج‌های DNA متعدد با استفاده از توالی‌های خاص قطعه در اورهانگ، و
- رباط.
مجموعه گلدن گیت از بردارهای شبیه سازی دایره ای (بردار مقصد) استفاده می کند. علاوه بر این، در این روش، محل محدودیت از محصول بسته شده حذف می شود تا هضم و بستن به طور همزمان انجام شود. یک پروتکل معمولی چرخه حرارتی برای گلدن گیت بین 37 درجه سانتیگراد تا 16 درجه سانتیگراد در نوسان است زیرا دمای 37 درجه سانتیگراد برای آنزیمهای محدودکننده و 16 درجه سانتیگراد برای لیگازها بهینه است.
مجموعه گیبسون چیست؟
مجموعه گیبسون یک روش شبیه‌سازی مولکولی است که اجازه می‌دهد چندین قطعه DNA را در یک قطعه جمع کند. برخلاف روش گلدن گیت، این روش متکی به وجود مکان‌های محدودیت در یک توالی خاص برای شبیه‌سازی نیست.دانیل جی گیبسون از موسسه جی کریگ ونتر آن را پیدا کرد. این تکنیک نوعی روش شبیه‌سازی مستقل از توالی و لیگاز (SLIC) است.
شکل 02: مونتاژ گیبسون
رویه مونتاژ گیبسون
مجموعه گیبسون به قطعات DNA حاوی 20-40 جفت باز نیاز دارد که با قطعات DNA مجاور همپوشانی داشته باشند. همپوشانی ها از طریق PCR اضافه می شوند. سپس این قطعات DNA به مخلوط گیبسون میزر که دارای سه آنزیم است اضافه می شود. این روش تحت شرایط همدما (50 درجه سانتیگراد به مدت 1 ساعت) با استفاده از سه آنزیم مختلف اگزونوکلئاز، DNA پلیمراز و DNA لیگاز انجام می شود. اگزونوکلئاز DNA را از انتهای 5' باز می جوید. بنابراین، فعالیت پلیمراز را مهار نمی کند و اجازه می دهد واکنش در یک فرآیند واحد ادامه یابد.نواحی تک رشته ای حاصل روی قطعات DNA مجاور را می توان به دلیل همپوشانی توالی ها آنیل کرد. DNA پلیمراز با افزودن نوکلئوتیدها شکاف ها را پر می کند. در نهایت، DNA لیگاز به صورت کووالانسی به DNA بخش های مجاور می پیوندد. به طور معمول، مجمع گیبسون از بردارهای مقصد خطی شده استفاده می کند. علاوه بر این، این روش می تواند به طور همزمان حداکثر 15 قطعه DNA را بر اساس شباهت توالی ترکیب کند.
شباهت بین گلدن گیت و مجمع گیبسون
- گلدن گیت و مونتاژ گیبسون دو روش شبیه سازی مولکولی هستند.
- هر دو روش می توانند چندین قطعه DNA را در یک قطعه جمع کنند.
- این روش ها از بردارهای مقصد استفاده می کنند.
- هر دو روش از سیکلرهای حرارتی برای مونتاژ چند قطعه DNA استفاده می کنند.
- آنها در جهش زایی سایت استفاده می شوند.
تفاوت بین گلدن گیت و مونتاژ گیبسون
گلدن گیت یک روش شبیه سازی مولکولی است که در مونتاژ قطعات DNA چندگانه در یک قطعه واحد با تکیه بر وجود مکان های محدود کننده در یک توالی خاص برای شبیه سازی استفاده می شود، در حالی که مونتاژ گیبسون یک روش شبیه سازی مولکولی است که در مونتاژ چند قطعه DNA در یک قطعه بدون تکیه بر حضور مکان‌های محدودکننده در یک توالی خاص که قرار است شبیه‌سازی شود.این تفاوت اصلی بین گلدن گیت و مجمع گیبسون است. علاوه بر این، روش گلدن گیت از بردار مقصد دایره ای استفاده می کند، در حالی که روش اسمبلی گیبسون از بردار مقصد خطی شده استفاده می کند.
اینفوگرافیک زیر تفاوت بین گلدن گیت و مجمع گیبسون را نشان می دهد.
خلاصه - گلدن گیت در مقابل مجمع گیبسون
شبیه‌سازی مولکولی روشی است که برای جمع‌آوری مولکول‌های DNA نوترکیب و هدایت تکثیر آنها در ارگانیسم‌های میزبان استفاده می‌شود. گلدن گیت و مونتاژ گیبسون دو روش شبیه سازی مولکولی هستند که امکان مونتاژ چند قطعه DNA را در یک قطعه واحد فراهم می کنند. روش گلدن گیت متکی بر وجود مکان‌های محدودیت در یک توالی خاص است که باید شبیه‌سازی شود، در حالی که اسمبلی گیبسون به وجود مکان‌های محدودیت در یک توالی خاص برای شبیه‌سازی تکیه نمی‌کند. بنابراین، این تفاوت کلیدی بین گلدن گیت و مجمع گیبسون است.
