تفاوت اصلی بین رنگ آمیزی کوماسی و رنگ آمیزی نقره در این است که رنگ آمیزی کوماسی یک تکنیک رنگ آمیزی پروتئین است که از رنگ آبی درخشان کوماسی استفاده می کند، در حالی که رنگ آمیزی اسلیور یک تکنیک رنگ آمیزی پروتئین است که از رنگ آمیزی نقره استفاده می کند.
جداسازی و شناسایی پروتئین مراحل حیاتی در آنالیز پروتئوم است. آنها پس از الکتروفورز ژل به شناسایی پروتئین با وضوح بالا نیاز دارند. تکنیک‌های رنگ‌آمیزی متعددی وجود دارد که شامل رنگهای مختلف مانند رنگهای آنیونی (coomassie brilliant blue)، کاتیون‌های فلزی (ایمیدازول-زینک)، رنگ‌آمیزی نقره و رنگهای فلورسنت و غیره می‌شود. گاهی اوقات می‌توان از پروب‌های رادیواکتیو نیز استفاده کرد.انتخاب روش رنگ آمیزی به سادگی، در دسترس بودن تجهیزات تصویربرداری در آزمایشگاه و غیره بستگی دارد.
رنگ آمیزی کوماسی چیست؟
رنگ‌آمیزی کوماسی یک تکنیک رنگ‌آمیزی پروتئینی است که از رنگ آبی درخشان کوماسی استفاده می‌کند. به طور کلی به آن تکنیک coomassie blue می گویند. Coomassie brilliant blue محبوب ترین رنگ پروتئین آنیونی است. این رنگ معمولاً تقریباً تمام پروتئین ها را با خطی بودن کمی خوب در حساسیت متوسط رنگ می کند. رنگ آبی درخشان Coomassie به طور غیر اختصاصی به تقریباً همه پروتئین ها متصل می شود. دو نوع مختلف رنگ آبی درخشان coomassie وجود دارد: R-250 و G-250. R-250 زمان رنگ‌آمیزی کوتاه‌تری ارائه می‌کند، در حالی که G-250 در فرمول‌های حساس‌تر و سازگار با محیط‌زیست موجود است.
شکل 01: رنگ آمیزی Coomassie
رنگهای کوماسی در مطالعات طیف سنجی جرمی و مطالعات شناسایی پروتئین بسیار محبوب هستند. علاوه بر این، لکه کوماسی ایمن زیستی یک فرمول غیر خطرناک از کوماسی بلو G-250 است که در حال حاضر در بازار موجود است. مزیت این فرمولاسیون این است که برای شستشو و رنگ زدایی فقط به آب نیاز دارد. لکه کوماسی ایمن زیستی حساسیتی معادل کوماسی آبی معمولی G-250 اما بهتر از رنگ کوماسی R-250 دارد. علاوه بر این، پروتکل رنگ‌آمیزی ساده‌تر و سریع‌تر از Coomassie blue G-250 معمولی دارد. عیب رنگ آمیزی آبی کوماسی این است که حساسیت کمتری نسبت به رنگ آمیزی نقره دارد. رنگ آمیزی آبی کوماسی تقریبا 50 برابر حساسیت کمتری نسبت به رنگ آمیزی نقره دارد. با این حال، به دلیل سادگی در صحافی، در بسیاری از مطالعات ترجیح داده می شود.
رنگ‌آمیزی نقره چیست؟
رنگ‌آمیزی نقره یک تکنیک رنگ‌آمیزی پروتئینی است که از رنگ‌آمیزی نقره استفاده می‌کند.رنگ آمیزی نقره برای رنگ آمیزی هر دو ژل آگارز و پلی آکریل آمید استفاده می شود. رنگ آمیزی نقره پروتئین در ژل آگارز برای اولین بار در سال 1973 توسط Kerenyi و Gallyas ایجاد شد. بعداً برای پروتئین های موجود در ژل های پلی آکریل آمید که در SDS-PAGE استفاده می شود، سازگار شد. در حال حاضر از رنگ آمیزی نقره برای رنگ آمیزی DNA یا RNA نیز استفاده می شود. برای رنگ آمیزی ژل ها در این روش ژل ها را با محلول نیترات نقره انکوبه می کنند. رنگ‌آمیزی نقره محل‌هایی را که پروتئین‌ها در آنها وجود دارند از قهوه‌ای تا سیاه رنگ می‌گیرد.
شکل 02: رنگ آمیزی نقره
شدت رنگ آمیزی نقره به ساختار اولیه پروتئین بستگی دارد. علاوه بر این، تمیزی ظروف مورد استفاده و خلوص معرف‌ها نیز می‌تواند بر کیفیت رنگ‌آمیزی نقره تأثیر بگذارد.با این حال، اشکال رنگ‌آمیزی نقره این است که قادر به تشخیص همه پروتئین‌ها، به‌ویژه گلیکوپروتئین‌ها و پروتئین‌هایی با گروه‌های اصلاح‌شده بزرگ متصل به زنجیره‌های جانبی آنها نیست.
شباهت های بین Coomassie و رنگ آمیزی نقره چیست؟
- رنگ‌آمیزی کوماسی و نقره دو تکنیکی هستند که در رنگ‌آمیزی پروتئین استفاده می‌شوند.
- آنها می توانند پروتئین ها و DNA را رنگ آمیزی کنند.
- هر دو روش رنگ آمیزی معایبی دارند.
- این تکنیک‌ها مراحل مشابهی دارند، مانند ثابت کردن، رنگ‌آمیزی و رنگ‌زدایی.
تفاوت بین رنگ آمیزی کوماسی و نقره چیست؟
رنگ‌آمیزی کوماسی یک تکنیک رنگ‌آمیزی پروتئین است که از رنگ آبی درخشان کوماسی استفاده می‌کند، در حالی که رنگ‌آمیزی اسلیور یک تکنیک رنگ‌آمیزی پروتئین است که از رنگ‌آمیزی نقره استفاده می‌کند. بنابراین، این تفاوت اصلی بین رنگ آمیزی Coomassie و نقره است. علاوه بر این، رنگ آمیزی کوماسی حساسیت کمتری نسبت به رنگ آمیزی نقره دارد.
اینفوگرافیک زیر تفاوت‌های بین رنگ‌آمیزی Coomassie و نقره را به شکل جدولی برای مقایسه کنار هم فهرست می‌کند.
خلاصه - Coomassie vs Silver Staining
برای تجسم پروتئین ها، می توان یک واکنش شیمیایی پیوند دهنده یا تولید رنگ خاص پروتئین را انجام داد. به این حالت رنگ آمیزی پروتئین می گویند. رنگ آمیزی کوماسی و نقره دو تکنیک مورد استفاده در رنگ آمیزی پروتئین هستند. در تکنیک رنگ آمیزی کوماسی از رنگ آبی درخشان کوماسی استفاده می شود در حالی که در رنگ آمیزی برش از رنگ نقره ای استفاده می شود. بنابراین، این تفاوت کلیدی بین رنگ آمیزی Coomassie و نقره است.
