تفاوت کلیدی – پروب در مقابل پرایمر
کاوشگر مولکولی یک قطعه DNA یا RNA کوچک است که توالی های مکمل را در DNA یا RNA تشخیص می دهد و امکان شناسایی توالی هدف را فراهم می کند. پرایمر بخش کوچکی از DNA یا RNA است که به عنوان نقطه شروع سنتز DNA عمل می کند. پرایمرها و پروب ها با نوکلئوتیدهای مکمل DNA الگو یا DNA هدف هیبرید می شوند. با این حال، تفاوت اصلی بین پروب و پرایمر این است که پرایمرها برای همانندسازی DNA ضروری هستند در حالی که پروب ها برای تشخیص توالی های خاص در DNA نمونه ضروری هستند.
کاوشگر چیست؟
پروب قطعه کوچکی از DNA یا RNA است که برای تشخیص DNA یا RNA هدف در نمونه با هیبریداسیون مولکولی استفاده می شود.آنها همچنین به عنوان نشانگرهای مولکولی شناخته می شوند. طول پروب می تواند متفاوت باشد (100 تا 1000 باز)، و نوکلئوتیدهای پروب مکمل بخشی از توالی هدف هستند. برای سهولت تشخیص، پروب ها با ایزوتوپ های رادیواکتیو یا با رنگ های فلورسنت یا آنتی بادی ها برچسب گذاری می شوند. پروب ها با پایه های مکمل توالی هدف متصل می شوند و حضور DNA یا RNA هدف را در نمونه آشکار می کنند. دو روش اصلی برای برچسب زدن پروب ها وجود دارد: برچسب گذاری انتهایی و ترجمه نیک. پروب ها به انواع مختلفی از جمله پروب های DNA، پروب های RNA، پروب های cDNa و پروب های الیگونوکلئوتیدی مصنوعی طبقه بندی می شوند و با استفاده از تکنیک های مختلف تهیه می شوند.
پروب ها ابزارهای مهمی در بسیاری از زمینه های میکروبی و مولکولی مانند ویروس شناسی، آسیب شناسی قانونی، آزمایش پدری، انگشت نگاری DNA، تشخیص بیماری های ژنتیکی، RFLP، سیتوژنتیک مولکولی، هیبریداسیون درجا و غیره هستند.
شکل 01: پروب نشاندار شده با فلورسنت مورد استفاده در FISH برای تشخیص پاتوژن
پرایمر چیست؟
پرایمر یک قطعه DNA یا RNA کوتاه است که به عنوان آغازگر سنتز DNA عمل می کند. آنزیم DNA پلیمراز نوکلئوتیدها را به گروه 3’ OH از توالی پرایمر اضافه می کند و رشته جدید مکمل DNA الگو را سنتز می کند. پرایمرها قطعات بسیار کوتاهی با طول 18 تا 20 نوکلئوتید هستند. آنها به طور شیمیایی در آزمایشگاه برای تقویت DNA در شرایط آزمایشگاهی (PCR) سنتز می شوند. آغازگرها می توانند هر دنباله ای از نوکلئوتیدها را داشته باشند زیرا توسط کاربر طراحی شده اند. آنها برای مطابقت با بازهای مکمل DNA الگو سنتز می شوند. بنابراین، می تواند هر دنباله ای از نوکلئوتیدها را داشته باشد. پرایمرها برای همانندسازی DNA بسیار مهم هستند زیرا DNA پلیمراز نمی تواند DNA جدید را بدون یک قطعه از قبل موجود DNA سنتز کند. هنگام طراحی پرایمر برای PCR، موارد زیر باید در نظر گرفته شود:
- پرایمرها باید حاوی نوکلئوتیدهای مکمل در انتهای کناری DNA باشد که می خواهد تکثیر شود.
- پرایمرها باید دمای ذوب بین 55 تا 65 داشته باشند 0C
- محتوای G و C باید بین ۵۰ تا ۶۰٪ باشد.
دو پرایمر در PCR به عنوان جلو و معکوس برای تکثیر هر دو رشته DNA نمونه استفاده می شود. پرایمرها معمولاً برای انجام PCR و توالی‌یابی DNA استفاده می‌شوند.
شکل 02: بازپخت پرایمر در PCR
تفاوت بین Probe و Primer چیست؟
Probe vs Primer |
|
| پروب قطعه کوچکی از DNA/RNA است که برای تشخیص حضور توالی هدف در یک نمونه با هیبریداسیون مولکولی استفاده می شود. | پرایمر یک کشش کوچک از DNA یا RNA است که به عنوان نقطه شروع برای همانندسازی DNA عمل می کند. |
| عملکرد | |
| این وجود یک توالی خاص را در نمونه DNA یا RNA تشخیص می دهد. | این به عنوان نقطه شروع سنتز DNA عمل می کند. |
| طول | |
| طول می تواند در محدوده 100 تا 1000 پایه باشد | طول معمولاً حدود 18 تا 20 پایه است |
| پیوند با دنباله مکمل | |
| پروب با پایه های مکمل دنباله هدف هیبرید می شود | پرایمر با پایه های مکمل رشته های DNA بازپخت می شود. |
| برچسب زدن | |
| کاوشگرها برای سهولت تشخیص برچسب گذاری شده اند | پرایمرها معمولاً برچسب ندارند |
| استفاده در PCR | |
| پراب در PCR استفاده نمی شود | پرایمرها در PCR استفاده می شود |
خلاصه - Probe vs Primer
پروب قطعه کوچکی از توالی DNA یا RNA است که می تواند با نوکلئوتیدهای مکمل هیبرید شود تا یک توالی هدف را در نمونه تشخیص دهد. کاوشگرها به صورت رادیواکتیو، ایمونولوژیکی یا فلورسنت برای مشاهده وجود توالی هدف برچسب گذاری می شوند. پرایمر یک قطعه DNA یا RNA بسیار کوچک است که به عنوان نقطه شروع برای تکثیر DNA در شرایط آزمایشگاهی عمل می کند. DNA پلیمراز پرایمر گروه OH 3 را شناسایی می کند و ساخت رشته جدید مکمل الگو را آغاز می کند. پروب ها و آغازگرها با هیبریداسیون با نوکلئوتیدهای مکمل به طور مشابه عمل می کنند.بنابراین، تفاوت اصلی بین پروب و پرایمر، عملکرد اصلی آنهاست.
