تفاوت اصلی بین PCR اجماع و pan PCR این است که توافق PCR همیشه مناطق حفاظت شده را هدف قرار می دهد در حالی که Pan PCR مناطق متغیر را برای شناسایی سویه های مختلف یک گروه هدف قرار می دهد
واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) یک تکنیک تقویت ژن است که از سه مرحله اصلی دناتوراسیون، بازپخت و گسترش تشکیل شده است. این به طور گسترده ای در تشخیص و شناسایی مولکولی استفاده می شود. تکنیک‌های Consensus PCR و Pan PCR بر اساس اهداف پرایمری هستند که هر نوع PCR استفاده می‌کند.
Consensus PCR چیست؟
Consensus PCR یک تکنیک PCR است که یک منطقه حفاظت شده برای گونه یا جنس خاصی را هدف قرار می دهد.بنابراین، مناطق بسیار حفاظت شده برای تقویت انتخاب می شوند. از طریق این روش می توان موجودات را بر اساس اجماع آنها شناسایی و متمایز کرد. این روش یک منطقه حفاظت شده را برای یک گونه خاص شناسایی می کند. به عنوان مثال، ناحیه 16s rRNA باکتری یک منطقه حفاظت شده در بین باکتری ها باقی می ماند. بنابراین، تنها یک مجموعه پرایمر برای تقویت مورد نیاز است. در بیشتر موارد، یک پرایمر جهانی خاص می تواند برای منطقه حفاظت شده استفاده شود.
شکل 01: تکنیک PCR
با پیروی از روش PCR توافقی، خصوصیات گونه ها و روابط تکاملی را می توان استنباط کرد. بر اساس کارایی تقویت ارگانیسم نمونه خاص، اجماع ارگانیسم نسبت به گروه نیز قابل استنباط است. علاوه بر این، انجام یک PCR توافقی در مطالعات فیلوژنتیک حیاتی است.این اجازه می دهد تا یک گونه را شناسایی کنیم و انحراف ارگانیسم خاص نشان داده شده در اجداد مشترک را تفسیر می کند.
Pan PCR چیست؟
A Pan PCR یک حالت مالتی پلکسی PCR است. در این تکنیک، سویه های مختلف با استفاده از اهداف پرایمر مختلف تقویت می شوند. با این حال، اهداف می توانند اهداف مشترک برای گروه های سویه باشند. بنابراین در Pan PCR می توان از بیش از دو مجموعه پرایمر در یک زمان استفاده کرد. این می تواند در روش واکنش تک لوله ای یا به عنوان یک روش واکنش چند لوله ای انجام شود. Pan PCR در مقایسه با PCR توافقی زمان‌برتر و پیچیده‌تر است. به همین دلیل، تفسیر نتایج PCR نیز ممکن است در Pan PCR پیچیده تر باشد.
کاربرد اصلی Pan PCR در تشخیص مولکولی است. این امکان تمایز بین سویه های مختلف یک گونه را با تقویت هدف فراهم می کند. Pan PCR یک تکنیک ایده آل برای شناسایی سویه های مختلف از یک گونه است که باعث بیماری می شود. در بیشتر موارد، اتوماسیون تکنیک های Pan PCR برای شرایط مختلف سلامت بسیار مهم است و یک تکنیک قابل اعتماد و بسیار کارآمد است.
شباهت‌های بین Consensus PCR و Pan PCR چیست؟
- Consensus PCR و Pan PCR دو نوع تکنیک PCR هستند.
- هر دو روش از روش کلی سه مرحله ای پیروی می کنند - دناتوراسیون، بازپخت و گسترش.
- آنها از پرایمرهایی استفاده می کنند که خاص هدف هستند.
- هر دو واکنش در یک سیکلر حرارتی انجام می شود.
- این واکنش ها را می توان خودکار کرد.
- هر دو را می توان در تشخیص مولکولی و شناسایی استفاده کرد. با این حال، دقت متفاوت است.
- این رویه ها نیاز به اعتبارسنجی دارند.
تفاوت بین Consensus PCR و Pan PCR چیست؟
هر دو Consensus و Pan PCR از یک روش معمول پیروی می کنند. با این حال، تفاوت اصلی بین PCR توافقی و Pan PCR بر اساس اهداف پرایمری است که هر روش استفاده می کند. در حالی که PCR توافقی همیشه مناطق حفاظت شده را هدف قرار می دهد، Pan PCR مناطق متغیر را برای شناسایی سویه های مختلف یک گروه هدف قرار می دهد.با توجه به این تفاوت، پروتکل های طراحی پرایمر، تعداد مجموعه پرایمرهای استفاده شده و کاربردهای خاص متفاوت است.
اینفوگرافیک زیر تفاوت بین Consensus PCR و Pan PCR را خلاصه می کند.
خلاصه - Consensus PCR در مقابل Pan PCR
PCR، معرفی شده توسط Mulli، نقش انقلابی مهمی در کاربردهای زیست شناسی مولکولی ایفا می کند. Consensus و Pan PCR دو نوع PCR بر اساس مناطق هدف پرایمر خود هستند. در حالی که PCR اجماع مناطق حفاظت شده را هدف قرار می دهد، Pan PCR مناطق متغیر را هدف قرار می دهد و نقش مهمی در شناسایی سویه ایفا می کند. با توجه به این تفاوت اساسی بین PCR توافقی و Pan PCR، عملکردهای خاص هر نوع PCR نیز از آنالیز فیلوژنتیکی تا خصوصیات مولکولی تا تشخیص مولکولی متفاوت است.
