PCR در مقابل PCR زمان واقعی
PCR یا واکنش زنجیره ای پلیمراز یک کشف متحول کننده در زیست شناسی مولکولی مدرن است که اولین بار توسط شیمیدان کری مولیس در سال 1983 توسعه یافت. این امکان را می دهد تا یک توالی منفرد در یک DNA پیچیده برای تجزیه و تحلیل تقویت شود. ایده اصلی PCR این است که دو آغازگر، که مکمل رشته های مخالف یک توالی DNA هستند، به سمت یکدیگر جهت گیری می کنند. پرایمرها رشته های مکملی را تولید می کنند که هر کدام شامل پرایمر دیگر است. بنابراین، نتیجه مقدار زیادی از یک توالی مربوط به DNA است که بین دو آغازگر قرار دارد. برای گسترش پرایمرها در PCR از آنزیم DNA پلیمراز استفاده می شود. DNA پلیمراز یک آنزیم مقاوم در برابر حرارت است و توانایی زنده ماندن در دماهای بالا (94 تا 95 درجه سانتیگراد) را دارد که برای دناتوره کردن DNA الگو استفاده می شود.
PCR شامل سه مرحله است، یعنی دورهای مکرر دناتوراسیون، بازپخت پرایمرها و سنتز DNA. برای انجام این واکنش از دستگاه ترموسایکلر استفاده می شود تا بتوان آن را برای تغییر سریع و دقیق دماها برنامه ریزی کرد. کاربردهای PCR عبارتند از تحقیقات جنایی، اثر انگشت DNA، تشخیص پاتوژن ها و تجزیه و تحلیل DNA گونه های اولیه انسان.
PCR معمولی چیست؟
سه مرحله اصلی PCR معمولی وجود دارد که عبارتند از: مرحله تکثیر DNA، جداسازی PCR و تشخیص محصولات. جداسازی قطعات DNA معمولاً با الکتروفورز ژل آگارز انجام می شود. سپس محصولات با اتیدوم بروماید رنگ آمیزی می شوند. در نهایت، تشخیص با تجسم نوارها بر روی ژل ها در زیر نور UV به دست می آید. بنابراین، نتایج نهایی PCR معمولی به صورت اعداد بیان نمی شود.به طور معمول PCR معمولی تنها قادر به تشخیص یک پارامتر است.
Real-time PCR چیست؟
PCR بلادرنگ می تواند تکثیر محصولات را تشخیص دهد، زیرا محصولات سنتز می شوند. با پیشرفت تکنولوژی، PCR به یک تکنیک بسیار محبوب به ویژه برای تشخیص و شناسایی باکتری ها در غذاها تبدیل شده است. PCR بلادرنگ از یک سیستم رنگ فلورسنت و ترموسایکلر مجهز به قابلیت تشخیص فلورسنت استفاده می کند.
تفاوت بین PCR معمولی و Real-time PCR چیست؟
• PCR معمولی وقت گیرتر است زیرا از الکتروفورز ژل برای تجزیه و تحلیل محصولات PCR تقویت شده استفاده می کند. در مقابل، Real-time PCR زمان کمتری را صرف می کند زیرا می تواند تقویت ها را در مراحل اولیه واکنش تشخیص دهد.
• PCR بلادرنگ داده ها را در مرحله رشد نمایی PCR جمع آوری می کند در حالی که PCR سنتی داده ها را در نقطه پایانی واکنش جمع آوری می کند.
• نتایج نقطه پایانی PCR معمولی ممکن است خیلی دقیق نباشد، اما نتایج PCR بلادرنگ بسیار دقیق هستند.
• PCR Real-time حساس تر از PCR معمولی است.
• PCR معمولی وضوح بسیار ضعیفی دارد در حالی که PCR بلادرنگ می تواند تغییرات بسیار کمی را به دلیل وضوح بالا تشخیص دهد.
• تشخیص نقطه پایانی PCR معمولی دارای محدوده دینامیکی کوتاه است در حالی که تشخیص PCR بلادرنگ دارای محدوده دینامیکی گسترده است.
• برخلاف PCR معمولی، تکنیک‌های تشخیص خودکار در PCR بلادرنگ یافت می‌شوند.
• PCR معمولی بسیار پیچیده و بیشتر از PCR زمان واقعی است.
• برخلاف PCR بلادرنگ، PCR معمولی نمی تواند بین باکتری های مرده و زنده تمایز قائل شود.
• PCR بلادرنگ از سیستم رنگ فلورسنت برای تشخیص محصولات استفاده می کند در حالی که PCR معمولی از اتیدیوم بروماید و نور UV برای تجسم نوارها در محیط ژل آگارز استفاده می کند.
