تفاوت کلیدی – SYBR Green در مقابل Taqman
SYBR گرین و Taqman دو روشی هستند که برای شناسایی یا تماشای فرآیند تقویت PCR بلادرنگ استفاده می‌شوند. SYBR Green روشی مبتنی بر رنگ آمیزی اسید نوکلئیک است در حالی که Taqman روشی مبتنی بر پروب هیدرولیز است. هر دو فناوری برای تولید فلورسانس در طول PCR طراحی شده اند که به دستگاه PCR بلادرنگ اجازه می دهد تا واکنش را در "زمان واقعی" نظارت کند. روش SYBR Green با استفاده از رنگ فلورسنت به نام SYBR green انجام می شود و با اتصال رنگ به DNA دو رشته ای تولید شده، تقویت را تشخیص می دهد. Taqman با استفاده از پروب های دارای برچسب دوگانه انجام می شود و تقویت را با تخریب پروب توسط Taq پلیمراز و آزاد شدن فلوروفور تشخیص می دهد.این تفاوت کلیدی بین SYBR Green و Taqman است.
SYBR Green چیست؟
SYBR Green یک رنگ فلورسنت است که برای رنگ آمیزی اسیدهای نوکلئیک، به ویژه DNA دو رشته ای در زیست شناسی مولکولی استفاده می شود. روش SYBR Green برای تعیین کمیت محصولات PCR در زمان واقعی PCR استفاده می شود. هنگامی که با DNA متصل می شود، کمپلکس DNA-رنگ حاصل، نور آبی را جذب می کند و نور سبز شدیدی از خود ساطع می کند. این به دلیل تغییر ساختاری است که در مولکول رنگ هنگام اتصال با DNA دو رشته ای رخ می دهد. هنگامی که PCR DNA بیشتر و بیشتری ایجاد می کند، مولکول های رنگ بیشتری با DNA متصل می شوند و فلورسانس بیشتری تولید می کنند. بنابراین، فلورسانس با تجمع محصول PCR افزایش می یابد. از این رو، مقدار محصول PCR را می توان به صورت کمی با تشخیص فلورسانس SYBR Green اندازه گیری کرد.
رنگ سبز SYBR همچنین می تواند برای برچسب گذاری DNA در سیتومتری و میکروسکوپ فلورسنت استفاده شود. اتیدیوم بروماید با موفقیت با SYBR Green جایگزین شده است زیرا اتیدیوم بروماید یک رنگ سرطان زا با مشکلات دفع در طول تجسم DNA در الکتروفورز ژل است.
روش سبز SYBR مزایا و معایبی دارد. این روش بسیار حساس، ارزان و آسان برای استفاده است. با این حال، به دلیل توانایی آن در اتصال به هر DNA دو رشته‌ای، اتصال غیر اختصاصی می‌تواند منجر به تعیین مقدار بیش از حد محصول PCR شود.
شکل 01: تکنیک سبز SYBR
تقمان چیست؟
Taqman یک روش جایگزین برای SYBR Green برای نظارت بر فرآیند PCR در زمان واقعی است. این روش به فعالیت اگزونوکلئاز 5 تا 3 آنزیم Taq پلیمراز برای تخریب پروب ها در طول گسترش رشته جدید و آزادسازی فلوروفور بستگی دارد. در این روش از پروب‌های دارای برچسب دوگانه استفاده می‌شود و بر اساس هیدرولیز پروب‌ها است. پروب ها الیگونوکلئوتیدهای DNA نشاندار شده با فلورسنت هستند که دارای یک مولکول گزارشگر فلورسنت (فلوروفور) در انتهای 5 و یک مولکول خاموش کننده در انتهای 3 هستند.آنها برای اتصال به قالب تک رشته ای در طرف مقابل آنیل های پرایمر طراحی شده اند. Taq polymerase نوکلئوتیدها را به پرایمر اضافه می کند و رشته جدید را به سمت پروب های دارای برچسب دوگانه گسترش می دهد. هنگامی که پلیمراز Taq با پروب برخورد می کند، عمل اگزونوکلئاز Taq پلیمراز باعث فعال شدن و تخریب پروب می شود. پس از تکمیل سنتز رشته جدید، کاوشگر در معرض تخریب کامل قرار می گیرد و فلوروفور را آزاد می کند. انتشار فلوروفور باعث ایجاد فلورسانس می شود. مولکول فلورسنت Quencher به طور موثر نور ساطع شده را خاموش می کند و خروجی را برای تعیین کمیت محصول PCR ایجاد می کند. انتشار فلوروفورها و مقدار محصولات PCR متناسب است. از این رو، کمی سازی را می توان به راحتی با روش تقمن انجام داد.
شکل 02: روش Taqman
Taqman در PCR Real Time، کمی سازی بیان ژن، تشخیص پلی مورفیسم های ژنتیکی، تعیین کمیت حذف DNA کروموزومی، شناسایی باکتری، تایید تجزیه و تحلیل ریزآرایه، ژنوتیپ SNP و غیره استفاده می شود.
تفاوت بین SYBR سبز و Taqman چیست؟
SYBR گرین در مقابل تقمان |
|
| SYBR Green بر اساس رنگ اتصال DNA است. | Taqman به پروب های هیبریداسیون و فعالیت اگزونوکلئاز 5 تا 3 تاق پلیمراز بستگی دارد. |
| کاوشگرهای دارای برچسب فلورسنت | |
| هیچ پروب دارای برچسب فلورسنت لازم نیست. | کاوشگرهای دارای برچسب دوگانه مورد نیاز است. |
| تجزیه و تحلیل ژن مولتیپلکس | |
| نمی توان از آن برای اهداف ژن چندگانه استفاده کرد. | می توان از آن برای اهداف ژن چندگانه استفاده کرد. |
| هزینه | |
| این ارزانتر است. | این گران تر است. |
| ویژگی | |
| این کمتر اختصاصی است و به هر DNA دو رشته ای متصل می شود | اینها بسیار خاص هستند زیرا پروب ها محصولات تقویتی خاص را تشخیص می دهند. |
| کارآمدی | |
| این کمتر موثر است. | این بسیار مؤثر است. |
| برنامه | |
| این در PCR بلادرنگ، تجسم ژل آگارز، برچسب‌گذاری DNA و غیره استفاده می‌شود. | این در PCR زمان واقعی، کمی سازی بیان ژن، تشخیص پلی مورفیسم های ژنتیکی و غیره استفاده می شود. |
خلاصه - SYBR Green and Taqman
Taqman و SYBR green دو روشی هستند که در Real-time PCR (PCR کمی) استفاده می شوند. هر دو روش تعیین کمیت محصول PCR را به طور موثر امکان پذیر می کنند و بر انتشار فلورسانس متکی هستند. روش Taqman از پروب های دارای نشاندار دوگانه برای تشخیص DNA انباشته شده استفاده می کند در حالی که روش SYBR Green از رنگ فلورسنت استفاده می کند. هر دو این روش ها همچنین کاربردهای متفاوتی در زیست شناسی مولکولی دارند.
