تفاوت کلیدی – ژل انباشته در مقابل ژل جداکننده
اصطلاح ژل انباشته و ژل جداکننده در توضیح تکنیک SDS-PAGE استفاده می شود. الکتروفورز ژل SDS-PAGE یا سدیم دودسیل سولفات-پلی آکریل آمید یک تکنیک آزمایشگاهی است که برای جداسازی مولکول های پروتئین بر اساس وزن مولکولی آنها استفاده می شود. تئوری پشت این تکنیک این است که پروتئین‌هایی با وزن‌های مولکولی متفاوت، نرخ‌های مهاجرت متفاوتی را نشان می‌دهند. مولکول های با وزن مولکولی پایین سریع تر مهاجرت می کنند در حالی که مولکول های با وزن مولکولی بالا به کندی مهاجرت می کنند. محیط مهاجرت یک ژل است. دو نوع ژل به نام های ژل انباشته و ژل جداکننده وجود دارد.تفاوت اصلی بین ژل انباشته و ژل جداکننده این است که pH ژل انباشته 6.8 است در حالی که pH ژل جداکننده 8.8 است.
ژل پشته ای چیست؟
ژل انباشته یک ژل پلی آکریل آمید با غلظت کم است که در تکنیک SDS-PAGE روی ژل تفکیک کننده غلیظ تر (ژل جداکننده) قرار می گیرد. ژل انباشته برای بهبود وضوح الکتروفورز استفاده می شود. وضوح به دلیل تفاوت بین غلظت ژل انباشته و ژل تفکیک کننده که روی پروتئین های نمونه تأثیر می گذارد افزایش می یابد. از آنجایی که غلظت پلی آکریل آمید در ژل انباشته کم است، اندازه منافذ بیشتر است. این همچنین به افزایش جدایی کمک می کند.
ژل انباشته یک ژل پلی آکریل آمید شل با منافذ بزرگ حدود 7 درصد پلی آکریل آمید است. این منافذ به عنوان یک مانع قابل توجه برای مولکول های پروتئین بزرگ عمل نمی کنند. از این رو این ژل اندکی بر تحرک آن پروتئین ها تأثیر می گذارد. این باعث می شود پروتئین ها با توجه به تحرک و اندازه آن ها با تمرکز بین دو ژل جدا شوند.
شکل 01: ژل آکریل آمید SDS-PAGE
pH ژل روی هم 6.8 است. PH آن اسیدی است نسبت به ژل با 2 واحد pH. این pH به معنی قدرت یونی کمتر و در نتیجه مقاومت الکتریکی بالاتر است. این امر تحرک پروتئین‌ها را نسبت به سایر ذرات باردار موجود در ژل تحریک می‌کند.
ژل جداکننده چیست؟
ژل جداکننده یا ژل تفکیک کننده SDS-PAGEtechnique یک ژل پلی آکریل آمید بسیار غلیظ است که در بالای ژل با غلظت کم قرار می گیرد. ژل جداکننده حاوی مقدار زیادی پلی آکریل آمید (10%) است. pH این ژل به صورت 8/8=pH حفظ می‌شود که سطح pH بالاتری نسبت به ژل پشته‌ای است.
شکل 02: دستگاه الکتروفورز ژل
وقتی مولکول های پروتئین به ژل جداکننده می رسند، مهاجرت آن مولکول ها کند می شود زیرا ژل جداکننده یک ژل با غلظت بالا با اندازه منافذ کوچک است که می تواند به عنوان یک مانع قابل توجه برای حرکت مولکول های پروتئین عمل کند.. این کاهش سرعت باعث می‌شود پروتئین‌های دیگر به آهستگی در حال مهاجرت باشند و در نتیجه یک نوار باریک و متمرکز بین دو ژل ایجاد شود.
رابطه بین چیدن ژل و جداکننده ژل چیست؟
هر دو نوع Stacking Gel و Separating Gel در یک دستگاه استفاده می شوند
تفاوت بین ژل انباشته و جداکننده چیست؟
ژل انباشته در مقابل ژل جداکننده |
|
| ژل انباشته یک ژل پلی آکریل آمید با غلظت کم است که روی ژل تفکیک کننده غلیظ تر (ژل جداکننده) در تکنیک SDS-PAGE قرار می گیرد. | ژل جداکننده یا ژل تفکیک کننده با تکنیک SDS-PAGE یک ژل پلی آکریل آمید بسیار غلیظ است که روی یک ژل با غلظت کم قرار می گیرد. |
| جایگیری | |
| ژل انباشته روی ژل جداکننده (جداکننده) قرار می گیرد. | ژل جداکننده در کف ظرف مورد استفاده برای الکتروفورز ژل قرار می گیرد. |
| تمرکز | |
| غلظت ژل روی هم زیاد است. | غلظت ژل جداکننده کم است. |
| محتوای پلی آکریل آمید | |
| ژل انباشته حاوی حدود 7٪ پلی آکریل آمید است. | ژل جداکننده حاوی حدود 10٪ پلی آکریل آمید است. |
| pH | |
| PH ژل انباشته 6.8 است. | PH ژل جداکننده 8.8 است. |
| اندازه منافذ | |
| اندازه منافذ بزرگ در ژل انباشته وجود دارد. | اندازه منافذ کوچک در ژل جداکننده وجود دارد. |
| Resolution | |
| ژل انباشته وضوح بهتری می دهد. | ژل جداکننده وضوح ضعیفی می دهد. |
خلاصه - ژل انباشته در مقابل ژل جداکننده
ژل انباشته و ژل جداکننده دو نوع ژل پلی آکریل آمید هستند که برای جداسازی بهتر مولکول های پروتئین در یک نمونه خاص استفاده می شوند.تفاوت بین ژل انباشته و ژل جداکننده این است که pH ژل انباشته 6.8 است در حالی که pH ژل جداکننده 8.8 است.
