تفاوت اصلی بین contig و داربست در این است که یک contig شکاف ندارد در حالی که یک داربست از contigs و شکاف تشکیل شده است.
توالی یابی ژنوم موجودات چند سلولی در مقایسه با توالی یابی موجودات تک سلولی بسیار دشوار است. توالی یابی تفنگ ساچمه ای کل ژنوم یک تکنیک توالی یابی آسان و سریع ژنوم برای ژنوم های چند سلولی است. این روشی است که بسیاری از قطعات DNA همپوشانی را به صورت موازی توالی یابی می کند. در این روش قطعات کوچک به قطعات بزرگتر و سپس با استفاده از کامپیوتر به قطعات بزرگتر مونتاژ می شوند. سپس کانتیگ ها در داربست ها و در نهایت در کروموزوم جمع می شوند. بنابراین، contig یک کشش پیوسته از توالی های نوکلئوتیدی است در حالی که داربست بخشی از ژنوم است که از contigs و شکاف تشکیل شده است.هم contig و هم داربست توالی ژنومی بازسازی شده هستند.
Contig چیست؟
Contig یک توالی ژنومی است. این یک کشش پیوسته از توالی است که از پایه های A، C، G و T تشکیل شده است. از کنار هم قرار دادن چند بیت کوچک روی هم افتاده از DNA در یک توالی طولانی تر تشکیل می شود. به عبارت ساده، contig مجموعه ای از قطعات دنباله ای است. ایجاد Contig شامل شناسایی قطعات توالی همپوشانی بر اساس تطبیق رشته های محلی و روش های تراز است که انتهای همپوشانی دنباله ها را شناسایی می کند.
پیوندها شکافی ندارند. بخشی از داربست است. کانتیگ ها هنگام ایجاد داربست به هم زنجیر می شوند. این نیاز به اطلاعات اضافی در مورد موقعیت نسبی و جهت گیری contigs در ژنوم دارد. شکاف ها رگه ها را در یک داربست جدا می کنند.اساساً، مونتاژ contig گام مهمی در توالی یابی تفنگ ساچمه ای کل ژنوم است. Contigs در نهایت به یک توالی ژنومی کامل مونتاژ می شوند. مونتاژ Contig معمولاً به درک الگوریتم‌ها در تطبیق رشته و هم‌ترازی دنباله نیاز دارد.
داربست چیست؟
داربست یک توالی ژنومی بازسازی‌شده از کلون‌های شاتگان کل ژنوم با توالی انتهایی است. از نظر ساختاری، یک داربست از محفظه ها و شکاف ها تشکیل شده است. بنابراین، داربست ها با زنجیر زدن کانتیگ ها به یکدیگر و جدا کردن آنها توسط شکاف ایجاد می شوند. ایجاد داربست نیاز به اطلاعاتی در مورد موقعیت نسبی و جهت گیری کانتیگ ها در ژنوم دارد. هدف مجموعه تفنگ شاتگان کل ژنوم نمایش هر توالی ژنومی در یک داربست است. اما، کاملاً ممکن نیست. از این رو، یک کروموزوم ممکن است توسط چندین داربست نشان داده شود. گاهی اوقات داربست ها می توانند همپوشانی داشته باشند. علاوه بر این، برخی از داربست ها را می توان در طول مونتاژ فیلتر کرد.
شکل 02: بررسی اجمالی مجموعه تفنگ ساچمه ای کل ژنوم
طول شکاف داربست طول واقعی آن را نشان نمی دهد. به طور کلی، شکاف ها به طور دلخواه به طول های ثابت معینی تنظیم می شوند. از این رو، این شکاف ها و عدم قطعیت ها در طول آنها مشکلاتی را در درک روابط مکانی واقعی عناصر عملکردی در ژنوم ها و میزان واقعی اطلاعات از دست رفته ایجاد می کند. گاهی اوقات شکاف ها نشان دهنده اطلاعات ژنومی از دست رفته است.
شباهت‌های بین Contig و Scaffold چیست؟
- Contig و داربست توالی های ژنومی هستند که از توالی های نوکلئوتیدی تشکیل شده اند.
- داربست ها از رگه ها و شکاف ها تشکیل شده اند.
تفاوت بین Contig و Scaffold چیست؟
A contig یک دنباله پیوسته است که از مجموعه ای از قطعات دنباله جمع شده است.در مقابل، داربست بخشی از توالی ژنومی است که توسط زنجیره‌های زنجیره‌ای به یکدیگر بازسازی می‌شود. بنابراین، این تفاوت اصلی بین contig و داربست است. علاوه بر این، کانتیگ‌ها شکاف ندارند در حالی که رگ‌های یک داربست با شکاف از هم جدا می‌شوند.
در جدول اینفوگرافیک زیر تفاوت های بیشتری بین contig و داربست نشان داده شده است.
خلاصه - Contig در مقابل Scaffold
هم contig و هم داربست توالی های نوکلئوتیدی بازسازی شده در پروژه های توالی یابی کل ژنوم هستند. Contig یک کشش پیوسته از توالی ژنومی حاوی بازهای A، C، G و T بدون شکاف است. داربست یک توالی ژنومی متشکل از contigs و شکاف است. از این رو، کوتاه ترین اجزای مونتاژ کانتیگ ها هستند در حالی که داربست ها مجموعه ای از کانتیگ ها هستند. در نهایت، داربست ها در توالی یابی کل ژنوم به کروموزوم ها مونتاژ می شوند.بنابراین، این تفاوت بین contig و داربست را خلاصه می کند.
