تفاوت کلیدی – AFLP در مقابل RFLP
مطالعات DNA در درک و تعیین روابط فیلوژنتیکی، تشخیص بیماری های ژنتیکی و نقشه برداری از ژنوم ارگانیسم ها اهمیت زیادی دارد. چندین تکنیک مرتبط با تجزیه و تحلیل DNA نیز برای شناسایی یک ژن خاص یا یک توالی DNA در مخزن DNA ناشناخته استفاده می شود. آنها به عنوان نشانگرهای مولکولی شناخته می شوند. چند شکلی طول قطعه تقویت شده (AFLP) و چندشکلی طول قطعه محدود (RFLP) دو نشانگر مولکولی (روش) هستند که در زیست شناسی مولکولی برای تشخیص تنوع ژنتیکی بین موجودات توسعه یافته اند. هر دو روش به یک اندازه مهم هستند و مزایا و معایبی دارند.تفاوت کلیدی بین AFLP و RFLP این است که AFLP شامل تکثیر انتخابی PCR DNA هضم شده است در حالی که RFLP شامل تکثیر انتخابی PCR قطعات DNA نیست.
AFLP چیست؟
AFLP (چند شکلی طول قطعه تقویت شده) یک ابزار مهم در زیست شناسی مولکولی است و به طور گسترده در تجزیه و تحلیل تغییرات ژنتیکی استفاده می شود. AFLP بر اساس تکثیر PCR اختصاصی DNA ژنومی تکه تکه شده و تشخیص پلی مورفیسم توسط اتورادیوگرافی از طریق الکتروفورز ژل است. AFLP به طور گسترده ای به شناسایی تفاوت های ژنتیکی در سویه ها یا گونه های نزدیک به پادشاهی های مختلف از جمله گیاهان، حیوانات، باکتری ها و قارچ ها کمک می کند. AFLP را می توان با مقادیر کمی از نمونه های DNA ناشناخته انجام داد. این نیازی به دانش قبلی توالی و طراحی پروب ندارد.
مراحل AFLP
- جداسازی DNA
- هضم DNA با اندونوکلئازهای محدودکننده
- بستن قطعات DNA محدود شده با آداپتورها
- تقویت انتخابی قطعات با مکان‌های محدودکننده خاص
- جداسازی محصولات PCR با الکتروفورز ژل
- تجسم ماتریس ژل توسط اتورادیوگرافی
AFLP یک روش حساس تر و قابل تکرار است که می تواند در پروفایل DNA چندین گونه از جمله قارچ ها، باکتری ها، گیاهان و حیوانات بدون اطلاع قبلی از توالی DNA استفاده شود. به دلیل ماهیت بسیار حساس خود به شناسایی تفاوت های جزئی در بین افراد در جمعیت کمک می کند. AFLP همچنین در نقشه برداری ژنوم، مطالعات پزشکی قانونی، آزمایش والدین، ژنوتیپ و غیره مهم است.
شکل 01: AFLP
RFLP چیست؟
پلی‌مورفیسم‌های طول قطعه محدود (RFLPs) تکنیکی است که برای شناسایی تغییرات ژنتیکی در توالی‌های DNA همولوگ استفاده می‌شود.این اولین روش توسعه یافته برای پروفایل DNA است. موجودات دارای اثر انگشت DNA یا پروفایل DNA منحصر به فرد هستند. RFLP به عنوان یک ابزار مهم برای تجزیه و تحلیل تنوع بین پروفایل های DNA موجودات درون گونه ای یا نزدیک مرتبط عمل می کند، زیرا توالی های همولوگ دارای مکان های محدود (موقعیت) متفاوتی هستند که منحصر به یک ارگانیسم خاص است. هنگامی که DNA همولوگ با اندونوکلئازهای محدود کننده خاص هضم می شود، منجر به پروفایل های DNA متفاوتی می شود که برای هر فرد منحصر به فرد است. بنابراین، اصل این روش، تشخیص تنوع ژنتیکی موجودات زنده با محدود کردن DNA همولوگ با آنزیم‌های محدودکننده خاص و تجزیه و تحلیل پلی‌مورفیسم طول قطعه از طریق الکتروفورز ژل و بلات است. الگوهای بلاتینگ برای هر ارگانیسم منحصر به فرد است و ژنوتیپ های خاص را مشخص می کند.
مراحل RFLP
- جداسازی مقدار کافی DNA از نمونه ها
- تکه تکه شدن نمونه های DNA با اندونوکلئازهای محدودکننده خاص به توالی کوتاه
- جداسازی قطعات به دست آمده با طول های مختلف توسط الکتروفورز ژل آگارز.
- انتقال پروفیل ژل به غشا با ساترن بلات
- هیبریداسیون غشاء با پروب های نشاندار و تجزیه و تحلیل چندشکلی طول قطعه در هر پروفایل
RFLP یک تکنیک بسیار مهم در تشخیص وراثت بیماری و یافتن خطر بروز بیماری در بین اعضای خانواده است. RFLP همچنین اغلب در نقشه برداری ژنوم، شناسایی مجرمان در پزشکی قانونی، آزمایش پدری و غیره استفاده می شود. RFLP دارای محدودیت های متعددی نیز می باشد. RFLP به دانش قبلی از داده های توالی برای طراحی پروب ها برای هیبریداسیون نیاز دارد. همچنین برای تجزیه و تحلیل نیاز به جداسازی مقدار کافی DNA از نمونه دارد که در مطالعات پزشکی قانونی دشوار است.
شکل 01: نقشه برداری RRFLP
تفاوت بین AFLP و RFLP چیست؟
ALFP در مقابل RFLP |
|
| AFLP شامل تکثیر انتخابی PCR DNA هضم شده است. | RFLP شامل PCR نمی شود مگر اینکه PCR-RFLP باشد. |
| دانش دنباله | |
| دانش توالی قبلی لازم نیست. | دانش توالی قبلی برای طراحی کاوشگرهای RFLP مورد نیاز است. |
| قابلیت اطمینان | |
| این قابل اعتمادتر است. | این در مقایسه با AFLP کمتر قابل اعتماد است. |
| کارایی در تشخیص چندشکلی | |
| این کارایی بالاتری در تشخیص چندشکلی نسبت به RFLP دارد. | این کارایی کمتری در مقایسه با AFLP دارد. |
| هزینه | |
| این در مقایسه با RFLP کمی گران است. | این در مقایسه با AFLP ارزانتر است. |
| برنامه ها | |
| AFLP ها برای نقشه برداری ژنوم، انگشت نگاری DNA، مطالعات تنوع ژنتیکی، آزمایش پدری و پزشکی قانونی استفاده شده است | تجزیه و تحلیل RFLP یک ابزار مهم در نقشه برداری ژنوم، محلی سازی ژن ها برای اختلالات ژنتیکی، تعیین خطر ابتلا به بیماری، و آزمایش پدری است. |
خلاصه - AFLP در مقابل RFLP
AFLP و RFLP دو تکنیکی هستند که به عنوان نشانگرهای ژنتیکی برای ارزیابی تنوع و ارزیابی روابط ژنتیکی در زیست‌شناسی مولکولی استفاده می‌شوند. AFLP به عنوان یک روش کارآمد و حساس برای تشخیص پلی مورفیسم ژنتیکی بین ارگانیسم ها نسبت به RFLP عمل می کند. با این حال، اگرچه هر دو این روش‌ها کارایی متفاوتی در تشخیص تغییرات ژنتیکی دارند، اما همچنان برای انگشت نگاری DNA و تشخیص بیماری استفاده می‌شوند.
