تفاوت کلیدی – RAPD در مقابل RFLP
نشانگرهای ژنتیکی در زیست شناسی مولکولی برای شناسایی تغییرات ژنتیکی بین افراد و گونه ها استفاده می شود. DNA چند شکلی تقویت شده تصادفی (RAPD) و پلی مورفیسم طول قطعه محدود (RFLP) دو نشانگر مولکولی مهمی هستند که به طور معمول در آزمایشگاه ها استفاده می شوند. RAPD با پرایمرهای الیگونوکلئوتیدی کوتاه و دلخواه انجام می شود و بر اساس تکثیر تصادفی مکان های متعدد در سراسر DNA الگوی ارگانیسم است. RFLP با یک اندونوکلئاز محدود کننده خاص انجام می شود و بر اساس پلی مورفیسم قطعات محدود کننده حاصل و هیبریداسیون است.تفاوت اصلی بین RAPL و RFLP در این است که RAPD نوعی تکنیک PCR است که بدون دانش توالی قبلی انجام می شود در حالی که RFLP در PCR دخالتی ندارد و برای انجام این تکنیک به دانش توالی قبلی نیاز دارد.
RAPD چیست؟
RAPD یک نشانگر مولکولی مفید در زیست شناسی مولکولی است. این یک تکنیک سریع و آسان است. RAPD را می توان به عنوان روشی تعریف کرد که منجر به توالی های DNA چندشکلی در نتیجه تقویت تصادفی مکان های متعدد الگوی DNA هدف می شود. RAPD از پرایمرهای الیگونوکلئوتیدی کوتاه با توالی های دلخواه برای تقویت PCR استفاده می کند. پرایمرها بدون آگاهی از توالی قبلی به طور مصنوعی سنتز می شوند. از این رو، به عنوان یک تکنیک آسان و مفید در نظر گرفته می شود.
مراحل اصلی زیر در RAPD دخیل است.
- استخراج DNA هدف
- تقویت مکان های متعدد DNA هدف با استفاده از آغازگرهای انتخابی تصادفی
- ژل الکتروفورز محصولات PCR تقویت شده
- رنگ آمیزی با اتیدیوم بروماید و شناسایی پلی مورفیسم
در نتیجه تغییر در بازپخت پرایمر، قطعات مختلف با طول های مختلف در طول تقویت تولید می شوند. از این رو، الگوهای نواری روی ژل ها در افراد و گونه ها متفاوت است. بنابراین، RAPD تشخیص تنوع ژنتیکی موجودات زنده در شناسایی و تمایز را امکان پذیر می کند.
RAPD در مطالعات مختلف زیست شناسی مولکولی مانند شناسایی تفاوت ژنتیکی بین گونه های نزدیک، نقشه برداری ژن، انگشت نگاری DNA، شناسایی بیماری های ارثی و غیره استفاده می شود.
شکل 01: RAPD
RFLP چیست؟
پلی‌مورفیسم‌های طول قطعه محدود (RFLPs) یک نشانگر مولکولی است که در زیست‌شناسی مولکولی برای شناسایی تنوع ژنتیکی در توالی‌های DNA همولوگ استفاده می‌شود. این اولین نشانگر ژنتیکی است که برای اثر انگشت DNA ساخته شده است. همه ارگانیسم ها وقتی با آنزیم های محدود کننده خاص محدود شوند، پروفایل های DNA منحصر به فردی تولید می کنند. RFLP به عنوان یک ابزار مهم در تولید پروفایل های DNA منحصر به فرد افراد و تشخیص تنوع ژنتیکی در بین آنها عمل می کند. هنگامی که نمونه‌های DNA با اندونوکلئازهای محدود کننده خاص هضم می‌شوند، پروفایل‌های DNA متفاوتی به دست می‌آید که برای هر فرد منحصر به فرد است. بنابراین، اصل این روش، تشخیص تنوع ژنتیکی موجودات زنده با محدود کردن DNA همولوگ با آنزیم‌های محدودکننده خاص و تجزیه و تحلیل پلی‌مورفیسم طول قطعه از طریق الکتروفورز ژل و بلات است. الگوهای بلاتینگ برای هر ارگانیسم منحصر به فرد است و ژنوتیپ های خاص را مشخص می کند.
مراحل زیر با RFLP مرتبط است.
- جداسازی مقدار کافی DNA از نمونه ها
- تکه تکه شدن نمونه های DNA با اندونوکلئازهای محدودکننده خاص به توالی کوتاه
- جداسازی قطعات به دست آمده با طول های مختلف توسط الکتروفورز ژل آگارز.
- انتقال پروفیل ژل به غشا با ساترن بلات
- هیبریداسیون غشاء با پروب های نشاندار و تجزیه و تحلیل چندشکلی طول قطعه در هر پروفایل
RFLP کاربردهای مختلفی مانند تشخیص بیماری های ارثی، نقشه برداری ژنوم، شناسایی جنایی در مطالعات پزشکی قانونی، آزمایش پدری و غیره دارد.
شکل 02: ژنوتیپ RFLP
تفاوت بین RAPD و RFLP چیست؟
RAPD در مقابل RFLP |
|
| RAPD یک نشانگر مولکولی مبتنی بر پرایمرهای تصادفی و PCR است. | RFLP یک نشانگر مولکولی است که بر اساس تولید قطعات محدود کننده طول متفاوت است. |
| نمونه الزامی | |
| نمونه های DNA کوچک برای آنالیز RAPD کافی است. | مقدار زیادی نمونه DNA استخراج شده برای تجزیه و تحلیل RFLP مورد نیاز است. |
| زمان | |
| RAPD یک فرآیند سریع است. | RFLP فرآیندی زمان‌بر است. |
| استفاده از پرایمر | |
| پرایمرهای تصادفی استفاده می شود و پرایمرهای مشابهی را می توان برای گونه های مختلف استفاده کرد. | کاوشگرهای خاص گونه در RFLP برای هیبریداسیون استفاده می شود. |
| قابلیت اطمینان | |
| قابلیت اطمینان تکنیک در مقایسه با RFLP کمتر است. | RFLP یک تکنیک قابل اعتماد است. |
| بلاتینگ | |
| RAPD شامل ساترن بلاتینگ است. | Southern blotting یک مرحله از RFLP است. |
| تشخیص تنوع آللی | |
| تغییرهای آللی توسط RAPD قابل شناسایی نیست. | تغییرهای آللی را می توان با RFLP شناسایی کرد. |
| نیاز به دانش توالی | |
| RAPD به دانش قبلی برای توالی نیاز ندارد. | دانش توالی قبلی برای طراحی کاوشگر مورد نیاز است. |
| PCR | |
| PCR با RAPD درگیر است | PCR با RFLP درگیر نیست. |
| تکرارپذیری | |
| RAPD تکرارپذیری پایینی دارد | RFLP در مقایسه با RAPD تکرارپذیری بالایی دارد. |
خلاصه - RAPD در مقابل RFLP
RAPD و RFLP نشانگرهای مهمی هستند که در زیست شناسی مولکولی استفاده می شوند. هر دو روش قادر به تشخیص تنوع ژنتیکی موجودات هستند. RAPD با استفاده از آغازگرهای تصادفی انجام می شود. RFLP با استفاده از آنزیم های محدود کننده خاص انجام می شود. هر دو روش پروفایل های DNA منحصر به فرد موجودات زنده را تولید می کنند. RAPD نسبت به RFLP دارای مراحل کمی است. اما نتایج قابل اعتماد و قابل تکرار کمتری نسبت به RFLP ایجاد می کند. این تفاوت اصلی بین RAPD و RFLP است.
