تفاوت اصلی بین FASTA و FASTQ این است که FASTA یک قالب مبتنی بر متن است که فقط توالی های نوکلئوتیدی یا پروتئینی را ذخیره می کند، در حالی که FASTQ یک قالب مبتنی بر متن است که هم مقادیر کیفیت توالی و هم توالی مرتبط را ذخیره می کند.
بیوانفورماتیک رشته‌ای است که از نرم‌افزارهای مختلفی برای تجزیه و تحلیل و درک داده‌های بیولوژیکی استفاده می‌کند، به خصوص زمانی که مجموعه داده‌ها پیچیده و بزرگ باشد. این رشته زیست شناسی، شیمی، فیزیک، علوم کامپیوتر، مهندسی اطلاعات، ریاضیات و آمار را برای تجزیه و تحلیل و تفسیر داده های بیولوژیکی ترکیب می کند. FASTA و FASTQ دو فرمت نمایش توالی در زمینه بیوانفورماتیک برای تراز و تجزیه و تحلیل توالی هستند.در واقع، FASTQ یک فرمت فایل دنباله ای است که فرمت FASTA را با قابلیت ذخیره کیفیت توالی گسترش می دهد.
FASTA چیست؟
FASTA یک نرم افزار تراز برای توالی DNA و پروتئین است. نرم افزار FASTA از فرمت FASTA استفاده می کند. این یک قالب مبتنی بر متن است که نشان دهنده توالی های نوکلئوتیدی یا توالی های اسید آمینه (پروتئین) است. در اینجا، کدهای تک حرفی هر دو این توالی را نشان می دهند. FASTA یک ابزار مهم در زمینه بیوانفورماتیک و بیوشیمی است. این قالب اجازه می دهد تا نام دنباله ها و نظرات قبل از دنباله ها قرار گیرند.
شکل 01: دنباله FASTA
این فرمت از نرم افزار FASTA نشات گرفته و توسط دیوید جی لیپمن و ویلیام آر پیرسون در سال 1985 معرفی شد. ابزار FASTA در طول زمان تغییرات زیادی داشته است و آخرین نسخه شامل برنامه هایی برای پروتئین: پروتئین، DNA است.:DNA، پروتئین:DNA ترجمه شده (با تغییر قاب) و جستجوهای پپتیدی سفارشی یا نامرتب. FASTA یک توالی نوکلئوتیدی یا اسید آمینه معین را می خواند و با استفاده از هم ترازی توالی محلی به دنبال پایگاه داده توالی مربوطه می گردد تا مطابق با توالی پایگاه داده مشابه را بیابد.
FASTQ چیست؟
FASTQ یک نرم افزار تراز مورد استفاده در زمینه بیوانفورماتیک است که هم یک توالی بیولوژیکی (معمولاً توالی نوکلئوتیدی) و هم امتیازهای کیفی مربوط به آن را ذخیره می کند. FASTQ در ابتدا برای بسته‌بندی یک توالی فرمت‌شده FASTA و داده‌های کیفیت مرتبط توسط موسسه Wellcome Trust Sanger توسعه داده شد. با توسعه در زمینه بیوانفورماتیک، FASTQ به استاندارد واقعی برای ذخیره خروجی بسیاری از ابزارهای توالی یابی با توان بالا تبدیل شد.
قالب FASTQ از چهار خط مختلف در هر دنباله استفاده می کند. خط 1 با کاراکتر @ شروع می شود و با یک شناسه توالی (شبیه به خط عنوان FASTA) دنبال می شود. خط 2 از حروف توالی خام تشکیل شده است. در خط 3، دنباله با یک کاراکتر "+" شروع می شود و به صورت اختیاری با همان شناسه دنباله دنبال می شود.خط 4 مقادیر کیفیت دنباله در خط 2 را رمزگذاری می کند و باید از همان تعداد نمادها به اندازه حروف در دنباله تشکیل شود.
شباهت‌های بین FASTA و FASTQ چیست؟
- FASTA و FASTQ ابزارهای تراز هستند.
- آنها دو قالب نمایش دنباله هستند.
- هر دو مربوط به حوزه بیوانفورماتیک هستند.
- هر دو FAST و FASTQ ابزارهای مهمی برای اهداف ذخیره سازی و توالی هستند.
- FASTQ یک فرمت فرمت FASTA با قابلیت ذخیره کیفیت توالی است.
تفاوت بین FASTA و FASTQ چیست؟
FASTA یک قالب مبتنی بر متن است که فقط توالی‌های نوکلئوتیدی یا پروتئینی را ذخیره می‌کند، در حالی که FASTQ یک قالب مبتنی بر متن است که هم مقادیر کیفیت توالی و هم توالی مرتبط را ذخیره می‌کند. بنابراین، این تفاوت اصلی بین FASTA و FASTQ است. علاوه بر این، FASTA قطعات توالی را پس از نقشه برداری ذخیره می کند، در حالی که FASTQ قطعات دنباله را قبل از نقشه برداری ذخیره می کند.علاوه بر این، تفاوت دیگر بین FASTA و FASTQ این است که FASTA از یک خط توضیحات و FASTAQ از چهار خط تشکیل شده است.
اینفوگرافیک زیر تفاوت‌های بین FASTA و FASTQ را به صورت جدولی برای مقایسه کنار هم نشان می‌دهد.
خلاصه - FASTA در مقابل FASTQ
بیوانفورماتیک از فرمت‌های مختلفی از توالی‌ها مانند FASTA و FASTQ و غیره استفاده می‌کند. FASTA قطعات دنباله را پس از نقشه‌برداری ذخیره می‌کند در حالی که FASTQ قطعات دنباله را قبل از نقشه‌برداری ذخیره می‌کند. FASTA یک نرم افزار هم ترازی برای DNA و توالی پروتئین است. این شامل برنامه هایی برای پروتئین: پروتئین، DNA: DNA، پروتئین: DNA ترجمه شده (با تغییر قاب) و جستجوهای پپتیدی سفارشی یا نامرتب است. FASTQ یک نرم افزار هم ترازی است که در زمینه بیوانفورماتیک استفاده می شود و هم یک توالی بیولوژیکی (معمولاً توالی نوکلئوتیدی) و هم امتیازهای کیفی مربوط به آن را ذخیره می کند. FASTA از یک خط توضیحات و FASTQ از چهار خط تشکیل شده است. بنابراین، این تفاوت بین FASTA و FASTQ را خلاصه می کند.
