تفاوت اصلی بین BLAST و FastA این است که BLAST یک ابزار تراز اساسی است که در وب سایت مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی موجود است در حالی که FastA یک ابزار جستجوی شباهت است که در وب سایت موسسه بیوانفورماتیک اروپایی موجود است.
BLAST و FastA دو نرم افزاری هستند که به طور گسترده برای مقایسه توالی های بیولوژیکی DNA، اسیدهای آمینه، پروتئین ها و نوکلئوتیدهای گونه های مختلف و جستجوی شباهت های آنها استفاده می شود. این الگوریتم ها با در نظر گرفتن سرعت نوشته شده اند. زیرا زمانی که دانشمندان در اواسط دهه 1980 توانستند DNA را در آزمایشگاه جدا کنند، نیاز به مقایسه و یافتن ژن های یکسان برای تحقیقات بیشتر با سرعت بالا را افزایش داد.از این رو، این دو نرم افزار به گونه ای توسعه یافته اند که کاربر می تواند جستجوی سریع توالی های مشابه با دنباله های جستجوی خود را انجام دهد.
BLAST مخفف Basic Local Alignment Search Tool است و از رویکرد محلی در مقایسه این دو دنباله استفاده می کند. FastA نرم افزاری است که به Fast A اشاره دارد که در آن A مخفف همه است. در اینجا، نرم افزار با حروف الفبای Fast A برای توالی DNA و Fast P برای پروتئین کار می کند. هر دو BLAST و FastA در مقایسه هر پایگاه داده ژنومی بسیار سریع هستند و بنابراین از نظر پولی و همچنین صرفه جویی در زمان بسیار مفید هستند.
BLAST چیست؟
BLAST یکی از پرکاربردترین نرم افزارهای بیوانفورماتیکی است که در سال 1990 توسعه یافت. از آن زمان، این نرم افزار برای همه در سایت NCBI در دسترس است. همچنین هر شخصی می تواند به این نرم افزار دسترسی داشته باشد و از آن استفاده کند. علاوه بر این، BLAST نرم افزاری است که به داده ها یا توالی های ورودی با فرمت FastA نیاز دارد. اما، داده های خروجی را در قالب متن ساده، HTML یا XML می دهد. BLAST بر اساس اصل جستجوی شباهت های محلی بین دو دنباله و فهرست کوتاه دنباله های مشابه کار می کند و پس از آن، شباهت های همسایگی را جستجو می کند.
شکل 01: نتایج BLAST
بنابراین، این نرم افزار تعداد زیادی از مناطق محلی مشابه را جستجو می کند و در رسیدن به یک مقدار آستانه نتیجه را می دهد. با این حال، این فرآیند با نرم افزار قبلی متفاوت است، که ابتدا کل دنباله را جستجو می کند و سپس مقایسه را انجام می دهد و از این رو، زمان زیادی را صرف می کند.
علاوه بر بررسی شباهت فوق، BLAST کاربردهای دیگری مانند نقشه برداری DNA، مقایسه دو ژن یکسان در گونه های مختلف، ایجاد درخت فیلوژنتیک و غیره دارد.
FastA چیست؟
FastA یک نرم افزار هم ترازی توالی پروتئین است. دیوید جی لیپمن و ویلیام آر پیرسون این نرم افزار را در سال 1985 توصیف کردند. اگرچه استفاده اولیه از این نرم افزار فقط برای مقایسه توالی های پروتئینی بود، نسخه اصلاح شده آن قادر به مقایسه توالی های DNA نیز بود.در اینجا این نرم افزار از اصل یافتن شباهت بین دو دنباله به صورت آماری استفاده می کند. این یک توالی از DNA یا پروتئین را با یک توالی دیگر با روش همترازی توالی محلی مطابقت می دهد.
شکل 02: FastA
با این حال، مناطق محلی را برای شباهت جستجو می کند، اما بهترین تطابق بین دو دنباله را ندارد. از آنجایی که این نرم افزار گاهی اوقات شباهت های محلی را با هم مقایسه می کند، می تواند با عدم تطابق نیز مواجه شود. در یک دنباله، FastA قسمت کوچکی به نام k-tuples را می گیرد که در آن تاپل ها می توانند از 1 تا 6 باشند و با k-tuples دنباله دیگر مطابقت دارند. در پایان فرآیند تطبیق، زمانی که به یک مقدار آستانه می‌رسد، نتیجه را ایجاد می‌کند.
شباهت های بین BLAST و FastA چیست؟
- BLAST و FastA ابزارهای بیوانفورماتیکی هستند که برای مقایسه توالی پروتئین و DNA از نظر شباهت استفاده می شوند.
- همچنین، هر دو برنامه از یک استراتژی امتیازدهی برای مقایسه بین دنباله ها استفاده می کنند.
- علاوه بر این، هر دو ابزار نتایج بسیار دقیقی تولید می کنند.
تفاوت بین BLAST و FastA چیست؟
BLAST ابزاری برای بررسی شباهت بین توالی های بیولوژیکی است. از سوی دیگر، FastA برنامه دیگری است که بررسی شباهت توالی های پروتئین و DNA را تسهیل می کند. با این حال، در مقایسه با FastA، نرم افزار BLAST بسیار محبوب است، زیرا نتایج دقیق و سریع تری تولید می کند. از این رو، این تفاوت بین BLAST و FastA است. علاوه بر این، بر خلاف FastA، برنامه BLAST بر اساس نیاز کاربر قابل تغییر است. بنابراین، این تفاوت دیگری بین BLAST و FastA است.
اینفوگرافیک زیر در مورد تفاوت بین BLAST و FastA جزئیات بیشتری را ارائه می دهد.
خلاصه - BLAST در مقابل FastA
BLAST و FastA دو برنامه ای هستند که به کاربر اجازه می دهند توالی پرس و جو خود را با توالی های موجود در پایگاه داده های موجود مقایسه کرده و شباهت ها را بررسی کند. هدف اولیه از FastA مقایسه تنها توالی پروتئین بود. اما، نسخه اصلاح شده این نرم افزار، هم مقایسه پروتئین و هم توالی DNA را تسهیل می کند. اگرچه FastA نرم افزار خوبی است، اما اکثر مردم از ابزار تراز BLAST استفاده می کنند زیرا محبوب تر است و نتایج دقیق و سریع تری نسبت به FastA تولید می کند. همچنین ابزار BLAST با توجه به نیاز کاربر قابل تغییر است. به طور خلاصه، این تفاوت بین BLAST و FastA را خلاصه می کند.
