تفاوت کلیدی – ژل الکتروفورز در مقابل SDS صفحه
الکتروفورز ژل تکنیکی است که ماکرومولکول ها را در میدان الکتریکی جدا می کند. این یک روش رایج در زیست شناسی مولکولی برای جداسازی DNA، RNA و پروتئین ها از مخلوط ها بر اساس اندازه مولکولی آنها است. SDS Page نوعی الکتروفورز ژل است که برای جدا کردن پروتئین ها از مخلوط پروتئین بر اساس اندازه آنها استفاده می شود. الکتروفورز ژل اصطلاحی است که برای اشاره به روش معمولی اعمال شده برای جداسازی DNA، RNA و پروتئین استفاده می شود در حالی که SDS Page یک نوع الکتروفورز ژل است. این تفاوت اصلی بین الکتروفورز ژل و صفحه SDS است.
ژل الکتروفورز چیست؟
الکتروفورز ژل یک تکنیک رایج است که در آزمایشگاه ها برای جداسازی مولکول های باردار مانند DNA، RNA، پروتئین ها و غیره از مخلوط آنها استفاده می شود. ژل در الکتروفورز ژل استفاده می شود. به عنوان یک غربال مولکولی عمل می کند. دو نوع ژل در الکتروفورز ژل استفاده می شود که عبارتند از آگارز و پلی آکریل آمید. انتخاب ژل و آماده سازی ژل فاکتورهای مهمی هستند که باید در الکتروفورز ژل در نظر گرفته شوند زیرا اندازه منافذ ژل باید به دقت دستکاری شود تا مولکول ها از طریق الکتروفورز ژل جدا شوند. الکتروفورز ژل دارای میدان الکتریکی است که به دو سر ژل متصل است. یک سر ژل دارای بار مثبت است در حالی که سر دیگر آن دارای بار منفی است.
DNA و RNA مولکول هایی با بار منفی هستند. هنگامی که آنها از انتهای منفی ژل وارد ژل می شوند و روی میدان الکتریکی اعمال می شوند، از طریق منافذ ژل به سمت انتهای بار مثبت ژل مهاجرت می کنند.سرعت مهاجرت به بار و اندازه مولکول بستگی دارد. مولکول های کوچکتر به راحتی از طریق منافذ ژل مهاجرت می کنند تا مولکول های بزرگتر. از این رو، مولکول های کوچکتر مسافت طولانی را از طریق ژل و مولکول های بزرگتر مسافت کوتاهی را طی می کنند. برای مشاهده حرکت مولکول ها روی ژل از انواع خاصی از رنگ ها استفاده می شود. میدان الکتریکی برای یک دوره زمانی معین اعمال می شود و متوقف می شود تا از از دست رفتن مولکول ها جلوگیری شود و مولکول ها در موقعیت های حرکتی خود نگه دارند. نوارهای مختلفی در ژل مشاهده می شود. این نوارها نشان دهنده مولکول هایی با اندازه های مختلف هستند. از این رو، الکتروفورز ژل برای افتراق مولکول ها بر اساس اندازه آنها مفید است.
الکتروفورز ژل به عنوان یک تکنیک آماده سازی در زیست شناسی مولکولی مانند PCR، RFLP، شبیه سازی، توالی یابی DNA، ساترن بلات، نقشه برداری ژنوم و غیره در تکنیک های مختلف گنجانده شده است.
شکل 01: الکتروفورز ژل آگارز
صفحه SDS چیست؟
الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید دودسیل سولفات سدیم (SDS Page) نوعی الکتروفورز ژل است که برای جداسازی پروتئین ها استفاده می شود. هنگامی که از الکتروفورز ژل برای جداسازی پروتئین ها استفاده می شود، به درمان های خاصی نیاز است زیرا پروتئین ها مانند DNA و RNA بار منفی ندارند و به سمت انتهای مثبت یا منفی مهاجرت نمی کنند. از این رو، پروتئین ها قبل از الکتروفورز ژل دناتوره شده و با بار منفی پوشانده می شوند. این کار با استفاده از شوینده ای به نام سدیم دودسیل سولفات (SDS) انجام می شود. الکتروفورز ژل که از SDS و ژل پلی آکریل آمید برای محیط نگهدارنده استفاده می کند به عنوان صفحه SDS شناخته می شود. این تکنیک معمولا در بیوشیمی، ژنتیک، پزشکی قانونی و زیست شناسی مولکولی استفاده می شود.
در طول صفحه SDS، پروتئین ها با SDS مخلوط می شوند. SDS پروتئین ها را به شکل خطی باز می کند و آنها را با بار منفی متناسب با جرم مولکولی آنها می پوشاند.به دلیل بار منفی، مولکول های پروتئین به سمت انتهای بار مثبت ژل مهاجرت می کنند و با توجه به جرم مولکولی خود جدا می شوند. در SDS Page، پلی آکریل آمید به عنوان تکیه گاه جامد برای ژل استفاده می شود. جداسازی واقعی پروتئین ها عمدتاً به خواص ژل بستگی دارد. از این رو تهیه ژل پلی آکریل آمید باید با دقت انجام شود و از غلظت های صحیح پلی آکریل آمید استفاده شود. ژل های پلی آکریل آمید وضوح بالایی نسبت به ژل های آگارز نشان می دهند. از این رو، صفحه SDS یک تکنیک با وضوح بالا برای جداسازی پروتئین در نظر گرفته می شود.
صفحه SDS نوعی الکتروفورز ژل دناتوره کننده است. در آنالیز پروتئین محدودیت عمده ای دارد. از آنجایی که SDS پروتئین ها را قبل از جداسازی دناتوره می کند، امکان تشخیص فعالیت آنزیمی، برهمکنش های اتصال پروتئین، کوفاکتورهای پروتئینی و غیره را نمی دهد.
شکل 02: صفحه SDS
تفاوت بین ژل الکتروفورز و صفحه SDS چیست؟
ژل الکتروفورز در مقابل SDS صفحه |
|
| الکتروفورز ژل روشی است که برای جداسازی ماکرومولکول‌ها با استفاده از میدان الکتریکی انجام می‌شود. | صفحه SDS یک تکنیک الکتروفورز ژل با وضوح بالا است که برای جداسازی پروتئین ها بر اساس جرم آنها استفاده می شود. |
| ژل ران | |
| می توان آن را به صورت افقی یا عمودی انجام داد. | صفحه SDS همیشه به صورت عمودی اجرا می شود. |
| اساس جدایی | |
| جداسازی با توجه به شارژ و اندازه رخ می دهد. | جداسازی پروتئین بر اساس جرم و بار اتفاق می افتد. |
| وضوح | |
| الکتروفورز ژل آگارز وضوح پایینی دارد و الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید وضوح بالاتری دارد | صفحه SDS وضوح بهتری دارد. |
| دناتوراسیون | |
| الکتروفورز ژل شامل تکنیک‌های دناتوره‌کننده و غیردناتوره‌کننده است. | صفحه SDS پروتئین ها را قبل از جداسازی دناتوره می کند. |
خلاصه - ژل الکتروفورز در مقابل صفحه SDS
الکتروفورز ژل یک تکنیک رایج است که برای جداسازی و تجزیه و تحلیل DNA، RNA و پروتئین ها بر اساس اندازه و بار آنها استفاده می شود. دو نوع اصلی الکتروفورز ژل وجود دارد که عبارتند از الکتروفورز ژل آگارز و الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید. ژل آگارز عمدتاً برای جداسازی اسید نوکلئیک استفاده می شود. هنگامی که وضوح بالاتر مورد نیاز است، از ژل های پلی آکریل آمید استفاده می شود. SDS Page نوعی الکتروفورز ژل است که معمولاً برای جداسازی مخلوط های پیچیده پروتئین ها استفاده می شود. این به عنوان یک تکنیک جداسازی پروتئین با وضوح بالا در نظر گرفته می شود. این تفاوت بین الکتروفورز ژل و صفحه SDS است.
