تفاوت اصلی بین dNTP و ddNTP این است که dNTP یا دئوکسی ریبونوکلئوتیدها بلوک های سازنده DNA هستند و دارای یک گروه 3ʹ-OH بر روی ساختار قند پنتوز هستند در حالی که ddNTP یا تری فسفات های دی اکسی نوکلئوزید نوکلئوتیدهایی هستند که فاقد گروه 3ʹ-OH هستند. در تکنیک توالی‌یابی DNA دی‌اکسی Sanger برای تولید توالی‌های DNA با طول‌های مختلف استفاده می‌شود.
dNTP و ddNTP نوکلئوتید هستند. dNTP به نوکلئوتیدهای دئوکسی ریبوز اشاره دارد. آنها بلوک های سازنده DNA هستند. dNTP ها برای سنتز DNA استفاده می شوند. از طرف دیگر dNTP به تری فسفات های دی اکسی نوکلئوزید اشاره دارد. آنها در توالی یابی Sanger برای پایان دادن به سنتز DNA در طول های مختلف استفاده می شوند.آنها فاقد گروه OH در موقعیت 3 هستند. یک هیدروژن به جای گروه OH در موقعیت 3ʹ وجود دارد. بنابراین، ddNTP ها قادر به ایجاد پیوند فسفودیستر با نوکلئوتید بعدی نیستند. dNTP قادر به انجام سنتز DNA است، در حالی که ddNTP قادر به پایان دادن به پلیمریزاسیون DNA است.
dNTP چیست؟
dNTP مخفف نوکلئوتید دئوکسی ریبوز یا دئوکسی ریبونوکلئوتید است. این ماده سازنده DNA است. چهار نوع dNTP وجود دارد. آنها dATP، dTTP، dCTP و dGTP هستند. آنها بر اساس بازهای نیتروژنی پورین یا پیریمیدین نامگذاری می شوند: آدنین (A)، گوانین (G)، تیمین (T) و سیتوزین (C).
شکل 01: dNTP
آدنین و گوانین بازهای پورینی هستند در حالی که تیمین و سیتوزین بازهای پیریمیدینی هستند. قند پنتوز dNTP دئوکسی ریبوز است.یک گروه فسفات نیز وجود دارد. بنابراین، dNTP از سه جزء تشکیل شده است: یک پایه نیتروژن، قند دئوکسی ریبوز و یک گروه فسفات. این dNTP ها از طریق پیوندهای فسفودی استر با یکدیگر ترکیب می شوند. در dNTP ها، یک گروه OH متصل به موقعیت 3' قند پنتوز وجود دارد که برای ایجاد پیوند با گروه فسفات متصل به کربن 5' قند نوکلئوتید بعدی لازم است. از آنجایی که همه dNTP ها دارای این گروه 3ʹ -OH هستند، قادر به سنتز و گسترش رشته های DNA هستند. از این رو، dNTP به عنوان واحد تکرار شونده اساسی DNA و ماده شیمیایی ژن ها عمل می کند. سنتز DNA همیشه از 5' تا 3' پیش می رود.
DdNTP چیست؟
توالی یابی سانگر یک روش توالی یابی DNA نسل اول است که توسط فردریک سانگر و کالج هایش در سال 1977 توسعه یافت. همچنین به نام توالی یابی خاتمه زنجیره ای یا توالی یابی دیدئوکسی نیز شناخته می شود زیرا اصل اساسی این روش خاتمه زنجیره با استفاده از تری فسفات های دی اکسی نوکلئوزید است. (ddNTPs). ddNTP ها نوکلئوتیدهایی هستند که در توالی یابی Sanger استفاده می شوند.توالی یابی Sanger بر اساس ترکیب انتخابی ddNTPs و خاتمه سنتز DNA در طول همانندسازی DNA در شرایط آزمایشگاهی است. ویژگی ddNTP ها این است که فاقد گروه 3'-OH در قند پنتوز هستند تا تشکیل پیوند فسفودی استر بین گروه فسفات 5' در نوکلئوتید مجاور را ادامه دهند. از این رو، هنگامی که یک ddNTP به رشته در حال گسترش متصل می شود، ازدیاد طول زنجیره متوقف می شود و از آن نقطه خاتمه می یابد. ddNTPها به عنوان بازدارنده های طویل کننده زنجیره DNA پلیمراز در طول روش توالی یابی سانگر عمل می کنند.
شکل 02: ddNTP
چهار ddNTP وجود دارد: ddATP، ddCTP، ddGTP و ddTTP در توالی سنجی Sanger استفاده می شود. این نوکلئوتیدها هنگامی که در رشته در حال رشد DNA گنجانده می شوند، فرآیند تکثیر DNA را متوقف می کنند. در نتیجه، توالی یابی سانگر طول های متفاوتی از DNA کوتاه تولید می کند.الکتروفورز ژل مویرگی برای سازماندهی این رشته های DNA کوتاه بر اساس اندازه آنها روی ژل استفاده می شود. ddNTP ها به صورت رادیواکتیو یا فلورسنت با رنگ های مختلف برای سهولت آنالیز توالی DNA برچسب گذاری می شوند. با آنالیز ژل، توالی نوکلئوتیدی رشته DNA ناشناخته را می توان تعیین کرد.
شباهت‌های بین dNTP و DdNTP چیست؟
- هر دو dNTP و ddNTP در توالی سنجی Sanger استفاده می شوند.
- چهار نوع dNTP و ddNTP وجود دارد.
- آنها از سه جزء تشکیل شده اند: یک پایه نیتروژن دار، قند دئوکسی ریبوز و گروه های فسفات.
تفاوت بین dNTP و DdNTP چیست؟
dNTP یکی از چهار نوع دئوکسی ریبونوکلئوتید است که بلوک های سازنده DNA هستند. ddNTP یکی از چهار نوع تری فسفات دی اکسی ریبونوکلئوزیدی است که در تکنیک توالی یابی Sanger استفاده می شود. dNTP دارای یک گروه 3ʹ-OH بر روی قند پنتوز است در حالی که ddNTP فاقد گروه 3ʹ-OH در قند پنتوز است.بنابراین، این تفاوت اصلی بین dNTP و ddNTP است. علاوه بر این، dNTP ها پلیمریزاسیون DNA را انجام می دهند در حالی که ddNTP ها پلیمریزاسیون DNA را خاتمه می دهند. از این رو، این یکی دیگر از تفاوت های عمده بین dNTP و ddNTP است.
اینفوگرافیک زیر تفاوت‌های بین dNTP و ddNTP را به صورت جدولی فهرست می‌کند.
خلاصه - dNTP در مقابل DdNTP
dNTP های نرمال بلوک های سازنده DNA هستند در حالی که ddNTP ها نوکلئوتیدهایی هستند که در تکنیک توالی یابی Sanger استفاده می شوند. dNTP دارای 3ʹ-OH است در حالی که ddNTP فاقد 3ʹ-OH است. بنابراین، این تفاوت اصلی بین dNTP و ddNTP است. علاوه بر این، dNTP می تواند یک رشته DNA را سنتز کند در حالی که ddNTP می تواند پلیمریزاسیون DNA را خاتمه دهد. بنابراین، ddNTP ها در توالی یابی Sanger به منظور تولید رشته های مختلف DNA با طول های مختلف استفاده می شوند. در طول توالی سنجی Sanger، هر دو dNTP و ddNTP گنجانده شده اند.
